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1話：太古の海へ、再び！！

少し未来。「次元調査プロジェクト」が次の段階に進み、ヴィンスとハナ、そして新たに一員となったウェンディがテスター・ピカイアと共に古生代の調査に向かう。3人はデボン紀の海へと次元ダイブを再開し…。

2話：デボンの怪魚、ダンクルオステウス！！

デボン紀の海へと次元調査に向かったヴィンス、ハナ、ウェンディの3人はロスト・コードであるアンモナイトの仲間、ゴニアタイトを見つける。だがそこに、巨大な捕食者・ダンクルオステウスが襲い掛かる。

3話：めざせ、デボンの陸地！！

ヴィンスたちは謎のBMSにロスト・コード・データを目の前で奪われてしまう。ハナはあれがかつては敵だったウェンディの仕業なのではと疑い始め、その証拠を掴むため、ウェンディの尾行を開始する。

4話：強敵、その名はエヴォル！！

ロスト・コードはデボン紀の陸地に生える大木のような植物・アーケオプテリス。そのデータを抽出するため、ヴィンスたちは川から上陸しようとするが、目の前を捕食者・イクチオステガが群れとなって横たわっていた。

5話：追跡、メガネウラ！！

ヴィンスたちは新しい時代・石炭紀の次元調査を開始する。植物が繁る森の中へと巨大な節足動物のロスト・コード、アースロプレウラを探し求めるが、空飛ぶ巨大昆虫のメガネウラにピカイアがさらわれてしまう。

6話：チャンスは一度、ピカイアを救え！！

ロスト・コードの巨大な節足動物・アースロプレウラを探すハナとウェンディ。ヴィンスは、巨大昆虫のメガネウラにさらわれたピカイアの奪還をハナたちのロスト・コード発見のタイミングに間に合わせようとする。

7話：探せ、荒野のディメトロドン！！

ヴィンスたちの今度の次元調査はデボン紀の陸上に生息する、背中の帆が特徴的なディメトロドン。新たな装備でBMSでの次元ダイブが長時間できるようになったヴィンスたちは、データ抽出のタイミングを待つが…。

8話：困惑、エヴォルの誘い！！

ロスト・コードのディメトロドンを捜索中に、ヴィンスのBMSが行方不明になる。懸命に捜索を続けるモーリスたちをよそに、ヴィンスの姿はデボン紀の暗い谷底にあった。そしてそのそばにはエヴォルの姿が…。

9話：どうなる、ヴィンスの選択！！

ハナとウェンディはエヴォルと一緒にいたヴィンスを発見し、救い出そうとする。だが、エヴォルの攻撃により三人のBMSの動きが封じられる。BMSがウイルス感染し、開発中のバイオミメティクスが使われてしまう。

10話：暴け、エヴォルの秘密！！

エヴォルの正体は、「奴」だった。「奴」はヴィンスに「ビッグ・シックスを引き起こす」と言う。そのためになぜロスト・コード・データを奪うのかヴィンスが気になっているところに、パーカー長官が現れる。

11話：ディイクトドンの親子を守り抜け！！

ヴィンスはエヴォルが言っていた「ビッグ・シックス」が気になったまま次の調査に取り組む。今回は巣穴を作って生息するデボン紀のディイクトドンの親子がロスト・コードだったが、捕食者・リカエノプスが迫り…。

12話：止めろ、ビッグ・シックス！！

「奴」の狙いは地球の六度目の大絶滅、ビッグ・シックス。それは過去に次元ダイブされた次元ドリルによって地球が氷に覆われて完成する。ヴィンスたちは次元ドリルが打ち込まれた場所を特定しようとするが…。

13話：つなげ、地球の未来！！

次元を超え、地球を氷で覆う大絶滅、ビッグ・シックスはブラック・ピカイアを乗せた次元ドリルによって進められていた。それを止めるため、ヴィンスたちはエヴォルのダイブログを頼りに5億年前の海底に向かう。