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1話：爆走！新型メタビー

メダロット社が開発した、新型メダロッチが発売されたが、予約を忘れたイッキとメタビーは入手できず落ち込んでいた。一方、新型メダロッチを手に入れ、性能を確かめようとしていたキクヒメたちだったが…。

2話：禁じられた戦い！

イッキはナエからメタビーの新しいパーツを預からせてほしいと頼まれ、パーツの修理が終わるまでギンカイのデスメダロットとは戦ってはいけないと忠告される。だが、イッキとメタビーの前にギンカイが現れた。

3話：謎のドークス使い

コクリュウはデスメダロットによるメダロット一斉襲撃作戦を決行。アリカが狙われたその時、ドークスという名のメダロットを連れた謎のメダロッターが現れ、一瞬のうちにデスメダロット軍団を倒してしまう。

4話：届けもの大騒動

イッキとメタビーは、大事な書類を父の会社まで届ける途中、偶然にもギンカイに出くわし、ひょんなことから彼を怒らせてしまった。そして、デスメダロットでロボトル勝負を迫るギンカイから逃げ出すが…。

5話：激突！スクープ合戦

アリカひとりの新聞部は放送部との合併を学校側から提案されるが、どちらも譲らず人気投票で決めることになった。早速スクープを探しにいくアリカ。そんな時、コクリュウが放送部の満寿泉にデスメダルを渡した。

6話：怪談・夜の理科室

コクリュウは、ロボトルで負けて落ち込んでいた少年に「メダロットを最強にしてあげる」と言う。そして夜な夜なメダロットを襲っている謎の怪物が出没し、襲われたアリカのメダロットはパワーダウンする。

7話：プールでロボトル！

人気のテレビ番組に出演が決まったイッキとメタビー。それを知ったコクリュウとギンカイは、テレビ中継を利用して、デスメダロットの強さを全国に見せつけようと画策。そしてイッキは番組中にロボトルを迫られる。

8話：戦士の絆・前編

コクリュウはギンカイに最強のデスメダロット・ユニトリスを与えた。謎のメダロッターに敗れたギンカイは、ユニトリスの力を試すためイッキとメタビーにロボトルを迫るが、メタビーはバッテリー切れ寸前だった。

9話：戦士の絆・後編

ドークスを捨て、デスメダロット・エクサイズのマスターとなった謎のメダロッターは、ロボトル精神を無視してギンカイとメタビーを攻撃。謎のメダロッターは「デスメダロットを破壊することが仕事だ」と言うが…。

10話：暴走！赤い悪魔

嵐の夜、最強のデスメダロットのひとつであるブロッソメイルが輸送中の事故で逃走した。開発中のミスにより、敵と見なした者には破壊するまで攻撃をやめなくなったブロッソメイルは、町中で派手に暴れる。

11話：アリカの花園

アリカは、イッキたちに内緒でブラスと一緒に秘密の花園を手入れしていた。だが、謎のメダロッターを囲んでロボトルが始まり花園が台無しになってしまい、花たちを大切にしないメダロッターにアリカは幻滅する。

12話：盗まれたメタビー

メダロット博士はイッキたちを呼んでメタビーの記憶装置を再生し、ブロッソメイルとの戦いのデータを分析。そして博士は危険なブロッソメイルに対抗するため、新型メダロット・アークビートルダッシュを披露する。

13話：ハニー救出大作戦

ナエが修理したメダロットを配達途中、ハニーがいなくなってしまった。捜しにいったナエとイッキたちは、様子が変なギンカイを目撃。後をつけると、ギンカイはハニーのデータを初期化し、記憶を消そうとしていた。

14話：メダロット墓場

ロボトルで負け続けているカガミヤマとキースタートル。責任を感じたキースタートルはカガミヤマのもとから去っていく。街を彷徨うキースタートルは、マスターに捨てられたメダロットのゴミ捨て場にたどり着く。

15話：立て！ギンカイ

ギンカイは、小さい頃、ベイヤニットと一緒に楽しくロボトルをしていた時のことを思い出す。そして、ブロッソメイルが完成したらエクサイズは用済みだというコクリュウに対し、どこかで疑問を抱いていた。

16話：コクリュウの逆襲

コクリュウを裏切ってしまったギンカイ。コクリュウの最強のブロッソメイルがギンカイのユニトリスを襲い、ユニトリスは制御不能になってしまう。ギンカイは悲しみをこらえ、ユニトリスに別れを告げた。

17話：大空の戦い！

イッキが飛ばしているナエの複葉機に、コクリュウが飛行テストをしていた新型デスメダロット・スカイファルコンが衝突。複葉機は壊れ、故障したスカイファルコンはメタビーを連れて飛び去ってしまった。

18話：カンニング大作戦

ゴミ箱に隠した20点の答案用紙を両親に発見されてしまい、イッキはいい点数が取れるまでロボトルを禁じられてしまう。なかなかいい点数が取れないイッキは、ユウヅルを巻き込んでカンニングしようとたくらむが…。

19話：守れ！男のプライド

ワカバは負けず嫌いのメダロッター。子供相手のロボトルに勝利しても攻撃をやめないため、ギンカイはアークダッシュでワカバのプットキャットを攻めるが、ワカバはコクリュウの入れ知恵でギンカイに仕返しをする。

20話：仕掛けられた罠

デスメダロット社のユニトリスとエクサイズが発売され、街の郊外にはデスメダロットショップが建設されている。イッキたちが危機を感じるなか、コクリュウはデスメダロット時代到来に向けてある計画を立てていた。

21話：トリックをあばけ！

コクリュウに陥れられ、イッキとメタビーは悪者となってしまった。アリカはテレビで放送された映像の中に仕掛けられたトリックを暴くため、放送部の満寿泉にも協力をしてもらい、立ち上がった。

22話：ユウヅルの正体

フリーメダロッターのバンショウは、コクリュウからドークス使いの正体を暴くため、力を貸してほしいと頼まれた。バンショウは条件付きで引き受け、ブラッソメイルを操って次々とメダロットを襲い始めた。

23話：ナエのお見合い

憧れのナエがお見合いをすると知り、イッキとメタビーは猛反対する。見合いの相手は、ナエが憧れているメダロット研究者らしいのだが、その男はイッキたちにデスメダロットでロボトルを仕掛けてきた。

24話：ドークスの奇跡

コクリュウはバンショウに、ギンカイのアークダッシュと謎のメダロッターのティレルビートルを倒してほしいと依頼。ナエは、謎のメダロッターであるユウヅルに、バンショウが操るブラッソメイルに勝つ方策を伝える。

25話：ワカバの誘惑

何でも言うことを聞く子分が欲しくなったワカバ。そこで、ロボトル初心者で強くなりたいと悩むタテヤマに、「イッキにも負けないくらい強いデスメダロットを貸してあげる」と言ってそそのかす。

26話：燃えろ!熱き魂

アリカは今年を振り返って甘酒新聞にロボトルの記事を載せるため、イッキとギンカイに話を聞く。イッキは平和なギンジョウ町にデスメダロッターが現れたことが一番の出来事だと話し、ギンカイとの出会いを思い出す。

27話：男イワノイ大勝負

デスメダロッター・ハナビシとキントラとのロボトルで、キクヒメに恥をかかせてしまったイワノイは、責任を感じてブルースドックとリベンジを誓う。そしてナエからの助言を受け、まずイッキの強さの秘訣を研究する。

28話：激走!一直線レース

メタビーは、ナエから借りた本の中に地図を発見。それは、町の子供たちに受け継がれてきたメダロット対抗一直線レースの地図だった。そこでワカバは、自分がこのレースで優勝して甘酒新聞の一面に載ろうと目論む。

29話：メタビーの大特訓

ささいな口論から、イッキとギンカイはナエの作った新しいロボトル場で勝負することになった。だが、小遣いを使い果たしたイッキは弾の補給ができず、ナエが弾のないイッキとメタビーに古いパーツを貸してあげる。

30話：アリカ一発逆転！

アリカからギンジョウ遊園地に誘われたイッキは、古臭くて子供だましみたいだと文句を言う。そこへハナビシとキントラが突然現れ、コクリュウに自分たちの強さを認めてもらうべく、イッキにロボトルを挑んできた。

31話：炎のアークダッシュ

秘密の特訓のおかげで、キクヒメはデスメダロット2体相手に快勝。敗れたハナビシ、キントラは、コクリュウから最後のチャンスをもらい、キクヒメにドブロク山でロボトル勝負をする果たし状を渡した。

32話：失われた友情

コクリュウはメダフォースを解析するため、ハナビシ、キントラをおとりにしてドークスを誘拐。そして、ドークスとブラックビートルの感情回路をつなげ、メダフォースのパワーを取り込もうとする。

33話：ナエさんMy Love

久しぶりのクラス会に出席したナエ。高校時代はマドンナだったナエだが、仕事着のままおしゃれもしないでやってきたその変貌にみんなは驚く。そんなナエが心配になり、親友のモモコが工場にやってきた。

34話：父への想い

デスメダロッターが増えていくギンジョウ町。謎のメダロッターが、デスメダロットを破壊すべくデスメダロッター狩りを始めた。父を変貌させたデスメダロットを恨むユウヅルが、このメダロッターの正体なのだが…。

35話：メダロットは友達

自ら正体を明かした謎のメダロッター・ユウヅルを心配したナエは、ユウヅルの父・マイヅル博士のもとを訪れる。マイヅル博士は「強さのみを追求する自分の考えは間違いなかった」と胸を張った。

36話：たった一人の逃亡者

コクリュウは、アークダッシュに敗れたブラックビートルを廃棄処分するようウラガスミに命じるが、ウラガスミはブラックビートルに再度チャンスを与えるよう助言。そしてコクリュウは、ある決断を下す。

37話：禁断のデスメダル

最強デスメダロット・グレインは、暴れだすと制御不能に陥る問題があった。グレインと同化した時、自分が自分でなくなる恐怖を感じていたブラックビートルは、ウラガスミの助けでコクリュウのもとから脱出した。

38話：コクリュウの過去

グレインが完成した。マイヅル博士をはじめ、イッキたちはブラックビートルがグレインに装着される前に何とかして救出しようとする。だがナエは、その前に自分にできることがあるかもしれないとウラガスミを訪ねる。

39話：輝け！希望の魂

デスメダロット研究所に侵入したイッキたちは、廃棄処分されるデスメダロットの置き場でブラックビートルを発見。そこにコクリュウが現れ、イッキたちにネオデスメダルをブラックビートルに返すための条件を出す。