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1話：織田信長

修学旅行先の台湾に進化侵略体が襲来。しおは切り裂きジャックの戦いを目撃する。浅尾を守るために走る彼女の中で、いま眠れる織田信長の「魂」が目覚めた。

2話：進化侵略体

ガンジーとニュートンの協力で、からくも敵を撃退。しかし、街には甚大な被害が残る。E遺伝子ホルダーとなって戦うことを望まれるしお。逡巡する彼女に、浅尾のひと言が…。

3話：キャパの島

DOGOOの一員となったしおは、司令付きのサンジェルマンに連れられ、どこかの密林に置き去りにされる。そこへ歩兵型侵略体が出現し、AUウェポンを展開させて応戦するもあえなく敗退してしまう。

4話：ハリケーン

初任務でフロリダ上空にやって来たしお。“ガリレオ”の観測によって、大型ハリケーン“オルガ”内の飛行艇型侵略体は、大量の卵を抱えていることが判明する。

5話：第二小隊

第二小隊へ配属されたしおを空中の基地アレックス・ローガンで出迎えたのは、皮肉屋のジャック、見境のない「博愛主義者」ニュートン、（女性に対して）積極的なガンジー。ホルダーって変人ばかり？

6話：カイジュウノニク

進化侵略体を運ぶ輸送機がアラスカ上空で遭難。護衛の任についていた第一小隊“ジェロニモ”“スーホ”“ガウディ”は人里離れた雪の山中に取り残される。

7話：ムサシ・ワンダー

パナマ運河へ向けて、かつての戦艦武蔵が進む。「ムサシ・ワンダー」と名づけられたこの物体は、分厚い武蔵の装甲と群生型侵略体におおわれ、アメリカ軍の攻撃を物ともしない。

8話：トンネル

ヴィドックは、大西洋と太平洋をつなぐ未知の海底トンネルを侵略体が利用していると推測。第一小隊をともなったガリレオがコスタリカ近郊の海底を探索する。

9話：しおとかおる

海底トンネルには進化侵略体の「原細胞」があると推定された。ヴィドックは総力を上げての攻略を進言するが、戦力はないのが現実。一方、負傷して日本へ戻ったしおを待っていたのは浅尾さん。

10話：DOGOO

故郷を滅ぼされて途方に暮れる少女を、土偶は進化侵略体と戦う戦士集めにさそう。それは、およそ1800年前のことだった。かたや現在。ジャックに対して意識しまくりのしおにジャックは…!?

11話：ストーンフォレスト作戦・前編

9人のE遺伝子ホルダーが地球の運命を賭けて戦う、その名も『ストーンフォレスト作戦』。あまりにも膨大な数の侵略体を相手に、ホルダー達はどのように立ち向かうのか…。

12話：ストーンフォレスト作戦・後編

世界が固唾をのんで見守る中、ストーンフォレスト作戦が佳境を迎える。封鎖された障壁内では、無双状態のジェロニモとジャック、及び腰のハンターが戦う。

13話：ノブナガン

いま明かされる、切り裂きジャックの真実。物語は、1888年のロンドンに遡り…。しおの元へと空を駆けたジャックは、「ナイチンゲール」を力を駆使して戦艦型をしおと共に追い詰めていく。