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1話：「脳と旅する男」

警察庁科学警察研究所･第九研究室、通称“第九”は、MRI捜査という画期的な捜査をしていた。それは死亡した被害者の脳から生前の記憶を映像化するというものだ。そして、その第九に、早速捜査命令が出る。

2話：「トップシークレット（前編）」

アメリカの大統領が背中を刺されて暗殺された。FBIは全米から千人に及ぶ警官を動員するも、手掛かりは見つからない。FBIに協力する第九は、大統領が死の直前にある紙を手にしたことを突き止める。

3話：「トップシークレット（後編）」

米大統領･リードの検死が始まって1週間。分析の結果、リードが死ぬ直前に2枚の紙を破っていたことが分かった。その2枚とは、マシューの写真とそのマシューとの待ち合わせ時刻、場所のメモであった。

4話：「幸福な歌」

崖からバンが転落し老人が3人死亡、1人は意識不明の重体になる事故が発生。死体から睡眠導入剤が検出されたことから警察は事件として捜査を開始する。捜査に協力する第九は、老人たちが集まった動機に注目し…。

5話：「キヌコ（前編）」

青木が薪から、ある人物の脳を極秘扱いで分析するよう命じられた。それは、一家惨殺事件の犯人として死刑が執行された露口浩一の脳だった。MRI捜査により、犯人は浩一でなかったことが分かり…。

6話：「キヌコ(後編）」

露口浩一の脳の分析を続ける青木は、別件で担当している曽我の資料写真を見て、3年前に行方不明になっている高校生･池田達雄の姿が、露口の記憶にあると気付く。青木は、浩一の長女･絹子に目を付け…。

7話：「見えない顔」

航空会社会長･荻島の自宅で火災が発生し、荻島の死体が発見される。しかし、顔に切り傷があったことから、警察庁は第九にMRI捜査を命じた。青木たちは、荻島がアカの他人向けに遺言状を残していることを知り…。

8話：「改造」

河原でOLが猟奇殺人の犠牲になった。被害者に抵抗した形跡が無かったことから、警察庁は第九に捜査を指示。MRI捜査で、被害者がファンだったバンドのメンバー全員が身体改造をしていることが分かり…。

9話：「＊（アスタリスク）」

若い女性を狙った通り魔殺人が続出し、ついに5人目の犠牲者が出る。しかし、今までの傾向と違うことに気付いた第九は、MRI捜査を行い、犠牲者は、米田雄一という61歳になる町工場の従業員と特定する。

10話：「箱の中の鼠」

警視正の長嶺が、警察官房の審議官に就任し、同時に第九の副室長を兼任することに。ある日、長嶺は、青木を死刑が決まった囚人を刑が執行されるまで保養させる所に同行させる。そこでは連続殺害事件が起きていて…。

11話：「その首に手を出すな」

青木が、山中にある村で他殺死体を回収することになった。MRI捜査では、死亡後48時間以内に脳をスキャンする必要があるのだが、死体は既に死後24時間経過していた。だが死体の運搬は何物かに妨害され…。

12話：「来訪者（前編）」

9人の少年が、同じ日、別々の場所で自殺する事件が発生。MRI捜査が進む中、1年半前に起きたある事件のことが話題となる。当時、連続猟奇殺人事件の捜査をしていた捜査官が異常をきたしてMRI装置を破壊し…。

13話：「来訪者（後編）」

第九メンバーが、自殺した9人の少年と殺人鬼･貝沼の関係を調査し始める中、青木は、貝沼の脳を全て見た鈴木の脳をMRI分析する。すると、貝沼は、9人の少年がいる少年院に慰問で訪れたことが分かった。

14話：「赤いハイヒールの女」

靴メーカーの社長･有島圭輔が惨殺された。第九メンバーはMRI捜査を行い、赤いハイヒールを履いた人物に殺害されたと分かる。捜査を進め、容疑者が妻･沙織、ホステス･マユミ、秘書･未映子の3人に絞られ…。

15話：「哀歌」

銃を持った若い男が、乳児を抱えた母親を人質に取り、空港に立てこもる事件が発生。犯人の要求は、第九に対して、昨日、ガンで死亡した元都会議員･佐々木恒彦の17年前の記憶をたどれという異様な要求だった。

16話：「ファイナル・テイク」

映画監督･狭川修平が刺殺された。警察は監視カメラの映像から、般若の面を被った人物が犯人とみて捜査を開始。そして、第九も動く。30年前に病気で全盲となった狭川の脳内記憶は真っ黒なはずだったが…。

17話：「目撃」

阿久津と林崎という2人の警官が連続射殺される事件が発生。林崎の脳を検視すると、犯人は元警察官･西条伸一と判明した。しかし、さらに注目される記憶映像が映し出される。それは警察官たちの不祥事の現場だった。

18話：「誰も見ていない（前編）」

新宿線沿線の公園で、殺人が3件連続で起きる。被害者はさまざまだ。そして、第4の殺人が発生。その被害者の脳を検視すると、連続殺人事件の4人の被害者全員が新宿線の同じ車両に乗っていたことが判明する。

19話：「誰も見ていない（中編）」

新宿近くのカプセルホテルで、ヒゲの男の変死体が発見される。第九は連続殺人事件の被害者や、カプセルホテルの死体から、強力なウイルスが検出されたため、バイオテロの可能性もあると睨み行動に移る。

20話：「誰も見ていない（後編）」

重要参考人となった若い男の正体が判明する。その男は中国人･張真。7年前に来日し、細菌研究者としての知識や技量は一流だ。一方、青木は第九と連絡を絶ち調査を進めていた。そして、張の確保に成功するのだが…。

21話：「侵食」

第九の初代オペレーター･蜂谷美雪が死亡した。美雪の夫･耕介は自分が突き落としたと自供。また、美雪は新興宗教･神のゆりかごに入信していたことも判明した。そんな中、第九のパソコンがハッキングされ…。

22話：「カウントダウン」

高校生･高橋修一が教師を刺殺する事件が発生し、その後、特殊部隊に射殺された。長嶺は小野木田に高橋の脳を検視するよう指示。事件の前、高橋は遊園地に爆弾を仕掛け、2時間後に爆発するようセットしていた。

23話：「SEARCH MY BODY（前編）」

ラブホテル内で男女の死体が見つかった。男の死因は自殺だったが、女の方は頭部に脳がなかった。男の脳の検視を始めた青木たちだったが、脳医科学研究所から死体の返還を要求される。2人は心療内科病棟の患者で…。

24話：「SEARCH MY BODY（後編）」

青木たちは、天地の脳を検視していた。すると、赤ん坊がナンバリングされているラブホテル事件の男の脳の映像を見たことに気付く。さらに、七瀬が所長を務める脳医科学研究所に行ったらしいことも分かった。

25話：「犠牲（サクリファイス）」

警察の極秘資料、MRIシステムの脳データが漏れているようだ。青木は、第九の関係者が漏洩している可能性が高いと考えた。そんな折、鈴木の記憶のデータファイルがいくつか消され、関係者が次々と姿を消し…。

26話：「楽園（パラディソス）」

薪は、第九のMRIシステムから消されていた鈴木の記憶を復旧し脳科学研究所から第九に送った。そして、第九にいた青木らは、記憶のチェックをはじめる。そんな中、拳銃を手にした薪が、突如第九に乱入して来る。