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1話：うごけ！ポンコツメダロット

ある夜、メダルハンター・怪盗レトルトがレアメダルを奪い去った。一方、イッキとアリカの学校の校庭では、スクリューズの親分・キクヒメと生徒会長のメダロットがロボットバトル「ロボトル」を始めていた。

2話：逆襲のスクリューズ

やっと自分のメダロットであるメタビーを持つことができたイッキだが、メタビーはマスターであるイッキの言うことを聞かない。イッキは不良品だとヒカルに文句を言うが、原因はメダルにあるようだ。

3話：男の夢は体力だ

メダロットを目の敵にしているミスターマッスルことオトコヤマは、ロボトルをやっている暇があったら体を鍛えろとばかりに、地獄のしごきを課す。ある日、イッキはオトコヤマの楽しいクラブ活動に招待される。

4話：伝説のメダロッター

「負け知らずのメダロットを操る伝説のメダロッターが花園学園にいるらしい」という噂を聞きつけたアリカ。どんな奴かを調べるため、すぐさまアリカはイッキとメタビーと共に花園学園へ乗り込むが…。

5話：海よ今日もありがとう

メタビーを連れて海に来たイッキとアリカ。海水が塩水だと知らなかったメタビーは、錆びてしまうとイッキに文句を言って2人は喧嘩になる。そこへ地元の3人組が現れ、この海岸には怪物が出ると告げる。

6話：宇宙人だロボ!!

特ダネを探してブラスと歩いていたアリカは、宇宙人を目撃。その証拠写真をイッキに見せるが、本物だと信じてもらえない。そこでアリカは、メタビーをおとりにして宇宙人を生け捕りにしようと目論む。

7話：暗闇に消えたメダル

コレクターからメダルを奪っていく怪盗レトルトは、真夜中に「メダルを置いてけ」と言って現れる「おいてけ幽霊」だといわれている。そしてイッキとアリカのもとへ、カリンが「おいてけ幽霊」絡みの相談に訪れた。

8話：迷子のメダロット

夏休みの宿題の自由研究で、メダロッターの生態を研究しようとアリカに誘われたイッキは、カリンもメダロッターだと言って彼女の家へ行こうと提案する。そして向かう途中、メタビーがマーメイドメダルを拾った。

9話：吠えろ！シアンドッグ

ロボトルで黒星が続くイワノイは、キクヒメから戦力外通告を受けスクリューズをクビになってしまった。そんなイワノイは、絶対に勝てる相手と見て砂場で遊ぶ幼稚園児にロボトルを挑んだが、あっさり負けてしまう。

10話：嵐のロボトルトーナメント

ロボトル世界大会のテレビ中継を見ていたイッキをメタビーが挑発して喧嘩に発展し、イッキがテレビを壊してしまった。そんな時、町内ロボトル大会が開催されることを聞いたイッキは、初出場、初優勝に意気込む。

11話：メタビー、グレる

ロボトルの試合会場でイッキがうっかりメダルをなくしてしまったため、メタビーは動かなくなってしまった。そのメタビーのメダルはロボロボ団に拾われ、ア・ゲダマーとなってイッキの前に姿を現す。

12話：その名はロクショウ

嵐の日にイッキとアリカは、通りかかった川辺で飼い犬が川に流されて助けを呼んでいる女の子と遭遇。イッキは助けに向かうが雨風が強過ぎて身動きが取れない。だが、謎のメダロットが流されている犬を救出した。

13話：キクヒメの恋

イッキと幼馴染みでサッカー部に在籍する川中島は、このところ人気急上昇中の美少年。彼に目をつけ恋心を抱いたキクヒメに対し、アリカは独占インタビューを条件にラブラブ作戦をアドバイスするのだが…。

14話：忍びが通る

イッキはくじ引きでシノビックパークの入場券が当たり、カリンを誘おうとするもアリカと行くことになってしまう。楽しみにしていた「忍者ショー」には間に合わず、「忍者屋敷」は工事中だったため2人は喧嘩になる。

15話：キン・タロー注意報

日本一のメダロッターを目指して修行していると言うクマゴロウとメダロットのキン・タローが、イッキの家を突然訪問。面識もないためイッキが理由を尋ねると、クマゴロウは「ある日」のことを語り始める。

16話：花ことばはロボトル

性格が控えめ過ぎる花屋の陸雲は、高嶺の花にも映る真澄先生に恋をしてしまった。オトコヤマもまた、真澄先生に猛アタックをしていた。そんななか、真澄先生をつけ回すストーカーが出現するのだが…。

17話：レトルト危機一髪！

再び現れた怪盗レトルト。メダロット博物館のレアメダルを奪って逃走し、ロクショウが立ちはだかるが、レトルトは「ロクショウのレアメダルに用がある。また会おう」と言い残して空に消えていった。

18話：ロボトル禁止令！

ロボロボ団の暴走行為がメダロットに対する苦情となり、学校に持ち込まれたメダロットは没収され、ロボトルは全面禁止となってしまった。イッキたちは、そんな理不尽なことを決めた教育委員会やPTAと戦う。

19話：ピンゲン南へ…

町内に動物園が開園。イッキとアリカは早速やってきたが、よく見ると、どの動物も寝ていて様子がおかしい。そんな時、動物たちの中からペンギンたちが次々と出てきた。どうやら暑さが原因らしい。

20話：レアメダルを奪え！

ロボロボ団のサラミは、世界征服をたくらむ悪の秘密結社の真のボスである首領とひそかにコンタクトを取っていた。サラミは、首領から「レアメダルを探し出して奪い取れ」との新たな指令を受けるが…。

21話：潜入！メダロット社

カリンから手紙をもらい、嬉しくて大はしゃぎのイッキ。てっきりデートの誘いだと思っていたら、カリンと一緒に現れたのはメダロット博士だった。博士は2人をメダロット社へ案内してくれると言う。

22話：翔べ！メタビー

怪盗レトルトはメタビーを捕まえてメダルを奪おうとするが、ロクショウがメタビーを救う。後日、空中飛行の練習をするメダロット・レディジェットを見たメタビーは、自分も練習したいとメダロット博士に申し出る。

23話：風と火の記憶

けやきの木を守って1人で大きな屋敷で暮らす藍香は、近所でも変わり者で通っており、宝を隠していると噂されている。その屋敷からロクショウが出てきた。ロクショウもけやきの木に昔の思い出があったのだ。

24話：ロボトル舞踏会

近頃コウジは、イッキとカリンがべたべたしていることが不満だった。一方、イッキはカリンから花園学園仮装パーティに招待される。ご機嫌なイッキだったが、アリカとメタビーまでついてくることになった。

25話：激突！メタビー対ロクショウ

ロボロボ団は首領からの指令に従い、子供たちを襲ってメダルを奪おうとするが、そこへロクショウが現れ手も足も出ない。首領はロクショウこそが真のレアメダルだと言い、温めていた計画を進め始める。

26話：メダフォース発動

ロボロボ団のメダロット・ヴィーナスマスターが出現。力を使い果たしたロクショウは捕らえられ、メダルと共に連れていかれた。イッキはレアメダルのことを詳しく知りたいと、メダロット博士からその歴史を教わる。

27話：発表！ロボトルランキング

世界ロボトル選手権大会を前に、日本代表選手の選考を兼ねた「全国ロボトルランキング」の途中経過が発表された。何とイッキが第3位にランクされて大喜びするが、第2位がコウジだと知って激しい闘志を燃やす。

28話：たこ焼き大作戦！

イッキがいい匂いに誘われて行ってみると、そこで大好物のたこ焼きが売られていた。「大阪一、いや世界一」と豪語するたこ焼き屋のナダコに、たこ焼きマニアのイッキは「タコが大き過ぎる」と言って納得しない。

29話：雪だるまが来た

一晩で雪が降り積もった翌朝、学校へ行く途中のイッキたちはキクヒメから雪合戦の挑戦を受けた。夢中になって本気で戦ってしまったため、慌てて学校へ行って裏口から入るが、学校は臨時休校になっていた。

30話：捨て犬のブルース

川原で行き倒れになっていたイワノイを見つけたイッキ。シアンドックが置き手紙を残して家出したのだ。「今週もロボトルランキング最下位のへなちょこマスターのイワノイに失望したからだ」とキクヒメは言うが…。

31話：りんたろう参上！

メタビーのレアメダルを狙っている謎のメダロットが出現。だが一方では、メタビーが町内のメダロットを襲っているという。身に覚えのないイッキとメタビーは、偽者がいるのではないかと考えた。

32話：宇宙からの使者？

メタビーのレアメダルが、サラミに奪われようとした時、謎のメダロットが現れた。彼こそ全国ロボトルランキング第1位、宇宙メダロッターXで、イッキたちが手も足も出せなかったサラミを簡単に倒してしまった。

33話：ロボトルに架ける橋

コウジはメダロット博士にメダフォースを伝授してほしいと頼むが、レアメダルではない限りメダフォースを引き出すことは無理だと言われる。落胆するコウジだが、そこに宇宙メダロッターXが現れ朗報をもたらす。

34話：奥義！シャドウソード

宇宙メダロッターXは今ではコウジの師匠となっている。メダフォース封じの早技で、相手の次の手を封じ込めることができるシャドウソードを教えてほしいとコウジは願い出て、苦手な山奥で荒行に取り組んでいた。

35話：囚われたチドリ！

イッキの母・チドリがロボロボ団に誘拐されてしまった。ロボロボ団の目的はメタビーのレアメダル。イッキは、ロボトル世界大会に出場するためにあと2勝しなければならないが、残り時間は3時間しかない。

36話：さらば宇宙メダロッターＸ

世界大会出場まであとひとつ勝たねばならないイッキは、宇宙メダロッターXと戦うことを決意する。ライバルであるにもかかわらずコウジ、りんたろうはメダロットバーツを、そしてアリカは特別な物をイッキに贈る。

37話：決戦！ミヤマ遺跡

ロボロボ団首領のもとへ連れ去られたメタビー。イッキとコウジはメタビーを奪還すべく、仲間に裏切られたサラミの案内で連中のアジトへ行く。そこは、メダロットの絵が描かれメダルが埋まっているミヤマ遺跡だった。

38話：メタビーをとり戻せ！

イッキたちの前に現れたロクショウは、メタビーが捕らえられていることを知らず、ロボロボ団の悪事を叩き潰すために来たと言う。一方、博士たちはロボロボ団が発信する怪電波の位置を特定した。

39話：灼熱の最終ロボトル

ミヤマ遺跡から巨大なメダロットが現れ、逃げ場を失うイッキたち。カリンがメダロット博士に助けを求めるが、ヘリポートが破壊されていた。怪盗レトルト、ロクショウと共に、メタビーは巨大メダロットに立ち向かう。

40話：開幕！世界大会

ロボトル世界大会まであと1週間。ミスターうるちはメダロット協会から首席審判を任命されるが、新しい重大な決定を聞いて言葉を失う。そんななか、選手村に世界チャンピオンのヴィクトルが到着した。

41話：一回戦から大波乱！

カリンの車で試合会場へ向かうイッキたちの前に、カルアという女の子が倒れ込んできた。カリブ代表、キャプテン・ジンの大好物のチョコレートを食べてしまい、追われているのだとカルアは言うが…。

42話：ルパン三兄弟七変化

メタビーのメダルが盗まれた。今日の2回戦の相手はフランスチーム。ここまで全て不戦勝で勝ち進んできたというルパン三兄弟だ。敵は日本チームの妨害をたくらんでおり、コウジとカリンが狙われてしまう。

43話：踊る！大おやびん

1週間後のバレエ発表会に出ることになったキクヒメ。同じ頃、イッキたち日本代表は3回戦で強敵のメキシコ代表と対戦することが決定。メダロッターXとして共に出場しているキクヒメは、両立すると宣言するが…。

44話：アイドルにご用心！

スウェーデン代表チームのチャーミング娘は、今や男たちの視線を独り占めにするアイドルだ。イッキも彼女たちのとりこになり、写真集を購入したため大事なメタビーの予備パーツを買うお金が無くなってしまった。

45話：強敵！エジプトの女王

ついにベスト8が出揃い、準々決勝の組み合わせが発表された。イッキたちは、次の対戦相手のエジプト代表で「砂漠の女王」と呼ばれるタワラーマから、「日本チームには重大な弱点があり、勝利はない」と言われる。

46話：華麗なるジョー

ジョースイハンから8年前の悪夢の世界大会、その後の魔の10日間の話を聞いたイッキ。その時の日本代表のメダロットで、メタビーと同じ名前を付けてくれたヒカルに詳しく話を聞きたいと、イッキは会いにいくが…。

47話：北から来た少年

アリカの今日の取材相手はアイスランドチーム。特訓場所でチームリーダーのベルモットは、練習するわけでもなく温泉を掘り、夕食を作っていた。試合前は平常心でいたいと話すベルモットにアリカは惹かれていく。

48話：孤独なライオン

メダロット協会がロボロボ団に乗っ取られていた。今大会の新たなルールによって奪われたメダルを、イッキは明日の決勝戦である、ヴィクトル率いるケニア代表対日本代表の試合で必ず取り戻すと誓う。

49話：世界大会決勝

いよいよ始まった決勝戦。イッキ、コウジの前にカラスミがメダロッターＸとしてやってくる。日本代表のみんながそれぞれの想いを胸に、ヴィクトルたちとのロボトル開始に向けて気合を入れていた。

50話：よみがえる悪夢

メダフォース同士が激突し、メタビーたちの動きがなぜか止まってしまった。怪盗レトルトとロクショウは、会場の地下にロボロボ団のアジトを発見。そこは、メダロットたちを共鳴させる巨大なアンテナになっていた。

51話：夢の途中

目が覚めたメタビーは、見覚えのない町、見知らぬ人々、しかし確かに知っている遠い昔の記憶の中にいた。首領は、超古代文明を築いたメダロ人の末裔、レアメダルは肉体を捨てた超古代文明人の魂だという。

52話：史上最大のロボトル

ヘベレケ博士の切り札である、赤ちゃん型メダロット・プリミティベビーに対抗すべく、メダロット博士がひそかにメダロット社内で開発していた巨大メダロットジャイアントメタビーが完成。両者の激突が近づく。