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第1話：ようこそ絶望学園

超高校級の幸運として私立希望ヶ峰学園への入学が決まり、意気が上がる苗木誠。そんな彼だが、学園に足を踏み入れた瞬間、意識を失ってしまう。再び目を覚ました苗木は、学園内に監禁されていた。

第2話：イキキル (非)日常編

学園長・モノクマにコロシアイ生活を強要され、動揺する生徒たち。そんな時、苗木の部屋に中学時代の同級生でもある超高校級のアイドル・舞園さやかがやってきた。さやかは、ひとりでいるのが怖いと言うのだが…。

第3話：イキキル 非日常編

事件のクロ＝犯人を突き止めるため、ついに命懸けの学級裁判が始まる。疑われたのはほかならぬ苗木誠で、彼は自身の無実を証明するよう要求される。そして、必死の抗弁を続ける苗木を救ったのは意外な人物だった。

第4話：週刊少年ゼツボウマガジン （非）日常編

最初の学級裁判を乗り越え、一同に絆のようなものが生まれたが、しびれを切らしたモノクマは彼らに次の一手を繰り出す。それは、24時間以内に新たな「クロ」が出なければ新しい動機を作るというものだった。

第5話：週刊少年ゼツボウマガジン 非日常編

ついに2人目の犠牲者が出てしまい、連続猟奇殺人鬼として世間を騒がせるジェノサイダー翔が犯人として疑われる。そして、「超高校級の御曹司」十神白夜の推理によりその正体が暴かれるが、その推理には穴があった。

第6話：新世紀銀河伝説再び！装甲勇者よ大地に立て！ （非）日常編

2度目の学級裁判が終わり、残された生徒たちは10人になった。一同の前にモノクマが現れ、「卒業生が出たら100億円をプレゼントする」と宣言する。一方、いつも元気な朝日奈葵の様子がどこかおかしい。

第7話：新世紀銀河伝説再び！装甲勇者よ大地に立て！ 非日常編

山田一二三と石丸清多夏を殺害した疑いをかけられたのは、唯一アリバイのない葉隠康比呂。だが彼は前夜、何者かに呼び出され、ロッカーの中に隠されていたジャスティスロボの中に閉じ込められていたと言う。

第8話：オール・オール・アポロジーズ （非）日常編

3度目の学級裁判が終結したが、ひと安心する間もなくモノクマの口から驚くべき事実が明かされる。一方、不二咲千尋のパソコンに残されていたアルターエゴ＝人工知能は、ある重要な情報を掴んだと告げる。

第9話：オール・オール・アポロジーズ II

黒幕の内通者だった大神さくらが、密室と化した娯楽室で発見された事件の捜査が始まり、直前に彼女から呼び出しを受けていた十神、腐川、葉隠の3人に嫌疑がかかる。そして、4度目の学級裁判が始まった。

第10話：疾走する青春の絶望ジャンクフード （非）日常編

解放された学園の最上階で苗木たちが目にしたのは、人間の血と脂の臭いが充満した教室だった。ここが「人類史上最大最悪の絶望的事件」の現場なのかと重苦しい空気が立ち込めるなか、モノクマから呼び出しがかかる。

第11話：疾走する青春の絶望ジャンクフード 非日常編

自分たちの行動がテレビ中継されていたという事実に驚く苗木たち。だが彼らの困惑をよそに、6回目の学級裁判が始まる。殺されたのは、これまで全く顔を見せなかった16人目の同級生・戦刃むくろだった。

第12話：超高校級の不運が超高校級の殺人と超高校級の処刑と超高校級の絶望を引き寄せた理由

「コロシアイ学園生活は、真の解答編に突入します」。そんなモノクマの言葉と共に、学園内の全ての部屋が解放された。答えにたどり着くため調査を進める苗木たちは、そこで驚くべき事実に突き当たる。

第13話：さよなら絶望学園

全員を監視し、学園長のモノクマを操作し、全ての状況をコントロールしていた「黒幕」の正体はあまりにも意外な人物だった。そんな黒幕が「コロシアイ学園生活」の目的を語り、ついに世界の真実が明らかとなる。