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第1話：学園都市最強能力者（アクセラレータ）

夏休みが終わった学園都市。学園都市第1位の「超能力者（レべル5）」アクセラレータは、ある事件で負傷し入院生活を送っていた。その傍らには、何かと世話を焼こうとまとわりつくラストオーダーの姿もあった。

第2話：死霊術師(ネクロマンサー)

生物の死体を操る力を持つ少女が、アクセラレータの病室に侵入。格闘の末、警備員（アンチスキル）に確保された少女が残した写真にはラストオーダーの姿があった。アクセラレータは少女の引き渡しを要求するが…。

第3話：四凶の符（ナンバーズ）

警備員の闇に巣食う組織・DAのたくらみの一端を知るという少女・エステルは、アクセラレータに助力を請う。DAのアジトへ向かったアクセラレータは、「棺桶」の完成形である「窮奇」と、それを操る菱形と対峙し…。

第4話：擬似魂魄・禍斗（サードナンバー）

死霊術を施された人皮の遺体を正しい状態に戻すため、処置をするエステル。だが、その途中で遺体を処分すべく霊安室にやってきた「DA」隊員と鉢合わせしてしまう。さらに、疑似魂魄・禍斗の宿った遺体が動きだし…。

第5話：警備員の闇（ＤＡ）

突如もたらされた情報をもとに、警備員はDAの拠点を次々と制圧にかかる。最新装備に身を固めていながらも数に劣るDAは、菱形に助けを求める。菱形はさらった人質を使えば何とかなると話すが…。

第6話：屍喰部隊(スカベンジャー)

その凶悪さから封印されていた4人の能力者による暗部組織・屍喰部隊（スカベンジャー）。DA抹殺のために放たれたその牙は、彼らの憎む諸悪の根源である「センセー」たる黄泉川と「優等生」エステルへと向けられる。

第7話：制限時間（ダウンロード）

警備員、DA、屍喰部隊。誰もが等しく倒れ伏した惨状のなかで、エステルはアクセラレータの戦いに人を救う力を見出し、師匠になってほしいと訴える。その時、3体の「棺桶」…「窮奇」「渾沌」「饕餮」が姿を現す。

第8話：蛭魅（フレンド）

絶対能力（レベル6）、超能力（レベル5）を超える途方もない力を求めて、研究と実験を積み重ねていた菱形。そして、被験者として兄の夢を応援していた妹の蛭魅。死霊術師・エステルはそんな2人と出会う。

第9話：10031回の死（メモリーオブデス）

蛭魅を救いたいという思いから犯した過ちを今こそ正すと決意したエステル。一方、菱形はミサカ一〇〇四六号を回収し、10031回分の死の記憶を完全にコピーして絶対能力（レベル6）への「公式」を手に入れようとする。

第10話：目覚め（カタストロフ）

非情にも届かなかった舜帝の剣。公式をインストールされた蛭魅は、爆発的な勢いで周囲を巻き込み肥大化を始める。そして、エステルたちの前に現れ「ナンバーズの悪霊」の4体目・「檮コツ」であることを露わにする。

第11話： 完全体（パーフェクトゴレム）

ローゼンタール家の悲願である「完全なるゴレム」を生み出すべく、「檮コツ」をそそのかした悪魔こそ、ローゼンタール家第4代当主・イサクだった。ゴレムは再生を続け、完全なる神となるべく成長していく。

第12話：まもるべきもの

人間を取り込んで肥大化し、完成形に近づいていく「完全なるゴレム」。だが、舜帝の剣でその符を突き、「檮コツ」の疑似魂魄に干渉すれば止められるかもしれない。エステルたちはゴレムの体内を進んでいくが…。