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第1話：怒れる瞳

C.E.73。オーブ代表のカガリは、プラント最高評議会議長デュランダルとの極秘会談のため、アスランとアーモリーワンを訪れる。そのとき、謎のグループが新型MS「ガンダム」を強奪する。

第2話：戦いを呼ぶもの

ガンダム強奪グループが属する特殊部隊の母艦ガーティ・ルーは、司令官ネオの指揮でザフト護衛艦隊を撃沈する。これに呼応するように強奪グループのスティング、アウル、ステラは撤退を開始。

第3話：予兆の砲火

発進したミネルバ内にいるアスランとカガリを案内するデュランダル。その想像以上の戦力に憤るカガリ。「我々は誓ったはずだ！ もう悲劇は繰り返さない、互いに手を取って歩む道を選ぶと！」

第4話：星屑の戦場

ミネルバとシンたちはネオの策略にかかって戦力を分断されてしまう。アスランの助言で何とかガーティ・ルーにダメージを与えたものの、余力のないミネルバは追撃を諦める。

第5話：癒えぬ傷痕

ユニウスセブン落下の急報が入る。イザークを隊長とした破砕部隊を急行させるプラント。しかし、イザーク隊がユニウスセブンの破壊作業を開始したとき、謎のジンの一団が工作隊を急襲する。

第6話：世界の終わる時

アスランとイザークの活躍で工作隊はユニウスセブン分割に成功。だがそこにテロリストが攻撃を仕掛けた。彼らは戦争で家族を失い、パトリック・ザラの思想を拠としてきた者たちだった。

第7話：混迷の大地

ユニウスセブンの破壊を続けるミネルバ。しかし地球は甚大な被害を受ける。これを機に、ロード・ジブリールは「ロゴス」の長老連を説得し、大西洋連邦への介入を画策する。

第8話：ジャンクション

修理と補給のため、モルゲンレーテのドックに入ったミネルバ。政務に復帰したカガリは、首脳陣から地球とプラントの現在の関係を知らされ、それに対するオーブの決断を迫られる。

第9話：驕れる牙

地球連合は「ユニウスセブン落下事件」をザフトの仕業と決めつけ、プラントを敵と見なす共同声明を発表。デュランダルは対話による解決を主張するが、国防委員会は地球軍に対して軍を動かす。

第10話：父の呪縛

地球軍による核攻撃を知らされたプラント市内ではラクスそっくりのミーアが、ラクスを騙って演説を始めた。デュランダルはラクスの偽者を用意したとアスランに白状し、新型機を預けたいと言う。

第11話：選びし道

プラントの最高評議会は地球軍への攻撃を決定するが、デュランダルはこの侵攻を「積極的自衛権の行使」と明言し、戦火が拡大しないよう配慮する。一方、オーブ議会では大西洋連邦との同盟締結が決定されていた。

第12話：血に染まる海

シンはウインダムを次々と迎撃するが、地球軍の新型MAザムザザーに追い詰めらる。その頃、アスランはデュランダルから特殊部隊フェイスの徽章を与えられ、セイバーガンダムで飛び立った。

第13話：よみがえる翼

シンの活躍でミネルバは危機を脱した。一方、ユウナは、カガリに結婚を迫る。その夜、ラクス暗殺を企む特殊部隊がキラの家を強襲。ラクスたちと避難したキラはフリーダムガンダムに乗り込む。

第14話：明日への出航

キラたちのもとにカガリの乳母マーナが訪ねてきた。渡されたカガリからの手紙には、オーブの代表としての責務のため、ユウナとの結婚を決めたことが記されていた。キラはある決意を固める。

第15話：戦場への帰還

カーペンタリアに停泊中のミネルバと合流したアスランは、カガリが結婚式の最中にさらわれた事件を聞かされる。そんな中、デュランダルからの新たな命令書とフェイスの徽章を手渡されたタリア。

第16話：インド洋の死闘

ジブラルタルへ向かったミネルバは、ネオたちに強襲される。ガイアガンダムを追うシンは、基地建設地で、民間人が強制労働させられる光景を見て逆上し、基地施設などを破壊してしまう。

第17話：戦士の条件

逃亡中のアークエンジェル。マリューらは、情勢をつかみきれない上にラクスの暗殺未遂やミーアの存在もあり、デュランダルに懐疑的だった。その頃ミネルバは、マハムール基地に到着していた。

第18話：ローエングリンを討て

ミネルバはラドル指令、ゲリラ・コニールの支援を得て、ガルナハンのローエングリンゲートの陽電子砲台を破壊する作戦を実行する。シンは、アスランから、重要な役目を任される…

第19話：見えない真実

ミネルバは、黒海の沿岸都市・ディオキアのザフト基地へ到着する。そこで、大歓声の中でミーアがラクスを演じている姿を見たアスランは驚く。一方、デュランダルは…。

第20話：PAST

先の戦争が始まったのは彼が14歳のときだった。当時シンと家族はオーブに移住しており、穏やかな日常を過ごしていたが、地球連合がオーブへの攻撃を開始し、シンは家族を失ってしまったのだ。

第21話：さまよう眸

デュランダルはフェイスのハイネをミネルバへ配属し、ディオキアを発った。一方、休暇を与えられたミネルバのクルーたち。海に行ったシンは、崖から落ちた少女に気づく。

第22話：蒼天の剣

ステラからもらった貝殻を、大切に扱うシン。険悪だったアスランとの関係も変化していた。その頃、大西洋連邦からの圧力にオーブ議会は派兵を承認してしまい、軍をネオたちと合流させていた。

第23話：戦火の蔭

戦場へ現れたフリーダム。続けて出撃したストライクルージュに乗っていてたカガリが、戦闘の即時停止をオーブ軍に命じる。アスランは、キラを止めようと必死に呼び掛けるが、通信は繋がらない。

第24話：すれ違う視線

アスランはキラたちが戦場へ出てきた真意を聞こうと決意する。アークエンジェルの手掛かりをつかもうと、とある町を訪れたアスランは、アークエンジェルの元クルー・ミリアリアと偶然再会する。

第25話：罪の在処（ありか）

ラクスの暗殺未遂事件を知ったアスラン。それでもデュランダルを信じるアスランは、オーブの戦争参入を止めさせるように言う。シンの緊急連絡を受けたミネルバは、調査中の施設に向かっていた。

第26話：約束

ガイアのパイロットだったステラを収容したミネルバ。シンは、彼女が地球連合軍の強化人間であることを知り、激しく動揺する。その頃、ステラを損失扱いするよう指示されたネオは…

第27話：届かぬ想い

アスランとキラたちの会談を監視していたルナマリアは、その調査データをタリアに提出するが、ラクスが命を狙われた件に関しては言い出せずにいた。一方、ステラは通常の治療を施せず…

第28話：残る命散る命

ミネルバは、クレタ沖でオーブ・地球連合の同盟軍と再度交戦する。不利な状況に追い込まれるミネルバだが、そこに再び現れたフリーダムとアークエンジェルがミネルバの窮地を救うが…!?

第29話：FATES

シャトルを奪ったラクスは、小惑星に隠されていた戦艦・エターナルと合流した。デュランダルは彼女を偽者として捜査するよう指示すると、自らの過去へと思いを馳せていた。

第30話：刹那の夢

アークエンジェルに合流したアマギたち。オーブの理念のために戦いたいという彼らを、キラたちはあたたかく迎える。一方、激戦を終えたミネルバは、修理と補給のために足止めされていた。

第31話：明けない夜

ステラを逃がすという軍規違反を犯したシンは、レイとともにミネルバの営倉に拘束された。一方、ネオはミネルバ追撃の任を解かれ、新たな命令を受けてロシアへ向かった…。

第32話：ステラ

都市を次々と壊滅させながら、ベルリンへ侵攻を続けるデストロイ。その行く手を遮ろうとするフリーダムとアークエンジェルだが、圧倒的な戦力の差に太刀打ちできない。

第33話：示される世界

約束を守れなかったことを悔やみ、号泣するシン。その眼には、暗く固い決意の色が宿っていた。後日、シンの部屋を訪ねたアスランは、フリーダムとの戦闘を想定したシミュレーション中…。

第34話：悪夢

演説放送で、プラント議会を掌握したデュランダル。一方マリューたちは、オーブへ向けてアークエンジェルを発進させる。そんな中、ミネルバにはアークエンジェルを討てという命令が出る。

第35話：混沌の先に

フリーダムを撃墜したシンをクルーたちは絶賛。だがアスランはシンの言葉に逆上し、掴み合いとなる。デュランダルを支持する人々に追い詰められたジブリールたちはヘブンズベースに逃げていた。

第36話：アスラン脱走

デスティニーを与えられ喜ぶシンとは対照的に、アスランはデュランダルを疑う。そんな中、アスランは基地からの逃亡を試みる。メイリンのおかげでグフのハンガーへ辿りついたアスランだが…!?

第37話：雷鳴の闇

アスランがメイリンと行動を共にしていると知ったデュランダルは、シンとレイへ撃墜許可を与える。一方、シンを説得しようとするアスランだったが、その言葉は届かず、撃墜されてしまう。

第38話：新しき旗

心に深い傷を負ったルナマリアは、インパルスの調整に没頭する。アスランたちの件で負い目を感じ、ルナマリアと心を通わせるシン。そのとき、突然地球連合軍が戦闘を開始する。

第39話：天空のキラ

行方不明のジブリールの足取りを追うよう軍に命じるデュランダル。一方、ラクスの指示を受けたダコスタは、遺伝子研究所のあったコロニー・メンデルでノートを見つけ、ラクスのもとに持ち帰る。

第40話：黄金の意志

シンとレイはフェイスの徽章と勲章を授与された。次第にデュランダルの指し示す未来を盲信し始めるシン。そんな中、ジブリールがオーブのセイラン家へ身を寄せていたことが発覚する。

第41話：自由と正義と

オーブの危機に緊急発進するアークエンジェル。オノゴロ沖では、デスティニーに対しカガリ達が奮戦。シンの攻撃がカガリに迫ったそのとき、キラのストライクフリーダムが間一髪でカガリを救う。

第42話：反撃の声

デスティニーとレジェンドの連携に苦戦を強いられるキラ。そこへインフィニットジャスティスを駆るアスランが乱入し、シンの説得を始める。だがそのとき、ジブリールがオーブから月に逃げ…!?

第43話：二人のラクス

全世界のメディアを通じ、デュランダルを支持しないと明言したラクス。衝撃的な放送によってミネルバ内にも波紋が広がる中、艦隊司令部からの通達で、ミネルバは急遽月に向かうことに。

第44話：変革の序曲

フォーレに攻撃を仕掛けるザフト主力軍。レクイエム発射阻止など、シン、レイ、ルナマリアの働きにより、ロゴスは滅びる。その頃、アークエンジェルは宇宙へ発進していた。

第45話：真実の歌

コペルニクスに買い出しに出たキラ、アスラン、ラクス、メイリンは、ミーアからのメッセージを受け取る。指定された場所にはラクス暗殺を目論む者たちが現れ、全員がアスランたちに倒される。

第46話：ミーア

ミーアの持ち物から、日記を見つけたラクスたち。そこには、整形してからの充実した日々が綴られていた。一方、デュランダルは、ついにデスティニー・プランの導入を宣言。シンは困惑する。

第47話：新世界へ

誰もが幸福に生きられる世界を作る「デスティニープラン」の実行を宣言したデュランダル。拒否の姿勢を示したオーブとスカンジナビア王国を除いて、世界はその意外な提案に戸惑うばかりだった。

第48話：レイ

エターナルと合流したアークエンジェルは、レクイエムの一次中継コロニー・ステーションワン破壊のため出撃する。そんな中、戦場に駆けつけたミネルバは、アークエンジェルと激突する。

第49話：最後の力

メサイヤを攻撃し続けるアークエンジェルとエターナル。だが、このままではオーブが撃たれると考えたキラとラクスはその場を引き受け、アスランとアークエンジェルをレクイエムに急がせる。

第50話：PHASE 選ばれた未来

最終話を中心に全50話を再編集し、さらに激動の最終話のアフターエピソードを新作追加。世界の最後の砦オーブを守るため、自らの身を省みずに戦うラクスに、イザークとディアッカはエターナルを守る行動に出た。