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第1話：学園都市

学園都市の高校生･上条当麻の評価は無能力（レベル0）。彼は右手に宿る“異能の力なら何でも打ち消す”謎の力のせいで不幸な人生を送っていた。そんなある日、彼の部屋に純白のシスターが降って来る。

第2話：魔女狩りの王（イノケンティウス）

謎のシスターを自分の部屋に匿い、ひとまず補習に出掛けた上条。しかし、帰宅途中、部屋の前で血まみれになって倒れているインデックスを発見する。それは彼女を回収するために追って来た魔術師の仕業だった。

第3話：必要悪の教会（ネセサリウス）

再び意識不明になってしまったインデックスの傷をふさぐには、魔術による治療が必要だった。しかし、超能力を持つ者はその開発の影響により、魔術を使うと全身から血が噴き出し死んでしまうらしく…。

第4話：完全記憶能力

インデックスを追って来た魔術師はステイルだけではなかった。上条は長刀を持つ女性魔術師･神裂火織に体を切り刻まれボロボロになりながらも抵抗するが、神裂の操る魔術“七閃”の前についに倒れ伏す。

第5話：十二時（リミット）

10万3千冊もの魔道書の内容を頭の中に収めているため、常人の15％しか脳を使えないインデックス。完全記憶能力を持つがゆえに、その記憶を1年周期で消さなければ彼女は死んでしまうという。

第6話：幻想殺し（イマジンブレイカー）

インデックスの記憶を消さねばならない原因は、完全記憶能力によって脳が圧迫されるせいでも、魔道書を記憶しているせいでもなかった。教会により仕掛けられていた“何か”を上条の右手は破壊できるのか？

第7話：三沢塾（かがくすうはい）

インデックス、土御門、青髪ピアスとファストフード店に立ち寄った上条は、自称“魔法使い”の巫女と相席することに。「電車賃がなくて帰れない」と言う彼女は、塾の先生だというスーツ姿の男たちと姿を消す。

第8話：黄金練成（アルス＝マグナ）

ステイルと侵入した三沢塾のロビーには甲冑を着た死体があった。だが、生徒たちは気に留める様子がない。彼いわく、生徒たちが裏の住人である外敵の存在に気付かないよう、結界が張られているのだと言う。

第9話：吸血殺し（ディープブラッド）

上条を追って三沢塾に着いたインデックスは、アウレオルスの手に落ちてしまう。上条とステイルは彼の居場所にたどり着くが、その目の前にインデックスが眠らされていた。それを見たステイルは…。

第10話：お姉様（みさかみこと）

自販機に金を飲み込まれる“いつもの”不幸に見舞われた上条は美琴と出会った。だが、彼女が披露した“裏技”のせいで自販機を壊してしまい、逃げだす2人。そこにミサカと名乗る美琴の“妹”が現れる。

第11話：妹達（シスターズ）

拾った黒猫を連れて、ミサカと「猫の育て方」の本を探しに古本屋を訪れた上条。その本を探し当てて、上条が店の外に出てみると猫と一緒に待っていたはずのミサカの姿はなかった。周囲を探す上条が見つけたものは…。

第12話：絶対能力（レベル６）

ミサカたちを使って行われているのは一方通行（アクセラレータ）をレベル6に進化させる実験だった。美琴は、その実験を止めるためには一方通行（アクセラレータ）を止めるほかないと決意する。

第13話：一方通行（アクセラレータ）

妹達（シスターズ）を助けに行くと言う美琴は、立ちふさがる上条に容赦なく雷撃を浴びせる。なぜそこまでするのかと問い掛ける美琴に、倒れた上条は「自分が一方通行（アクセラレータ）を倒す」と告げる。

第14話：最強（さいじゃく）VS最弱（さいきょう）

上条は、桁違いな一方通行（アクセラレータ）の強さの前に防戦一方。しかし、上条の右手が彼の顔面に突き刺さり、肉弾近接戦闘が初めてだった一方通行（アクセラレータ）はその現象に面食らう。

第15話：御使堕し（エンゼルフォール）

一方通行（アクセラレータ）を倒した無能力者（レベル0）として、有名人になってしまった上条。統括理事会は彼に一時学園都市の外に出るよう命令し、上条とインデックスは温泉旅館“わだつみ”に落ち着く。

第16話：父親（かみじょうとうや）

上条の前に現れた赤いシスター･ミーシャ＝クロイツェフは、大魔術“御使墜し（エンゼルフォール）”の発生源を探るべく日本に来たらしい。同じ頃、“必要悪の教会（ネセサリウス）”の魔術師2人も現れる。

第17話：大天使（かみのちから）

大魔術“御使墜し（エンゼルフォール）”を止めるには、術者を倒すか儀式場を壊すしかない。術の影響を受けないのは術者だけ。なぜオカルトなどに手を染めたのかと詰問する上条に、刀夜は過去の出来事を語り始める。

第18話：偽者（レプリカ）

夏休みの最終日。美琴が日課のコンビニへの立ち読みに出掛けようと学生寮の玄関を出ると、一人の男が待ち構えていた。海原光貴…常盤台中学の理事の息子で、最近、美琴に付きまとっている青年だった。

第19話：打ち止め（ラストオーダー）

上条に負けたことで、不良たちから襲撃を受けるようになった一方通行（アクセラレータ）。そんな彼の前に、妹達（シスターズ）の最終ロットとして作られた打ち止め（ラストオーダー）が現れる。

第20話：最終信号（ウイルス・コード）

打ち止め（ラストオーダー）を引き取ってもらおうと芳川桔梗の元に来た一方通行（アクセラレータ）。そんな彼に芳川は、彼女の脳にある命令が上書きされたことで妹達（シスターズ）が暴走すると言い…。

第21話：正体不明（カウンターストップ）

小萌先生の家に居候していた姫神秋沙が、上条のクラスに転入生として現れた。一方、自分の昼ご飯が用意されていないと気付いたインデックスは上条の教室へとたどり着くが、小萌先生に追い出されてしまう。

第22話：石像（ゴーレム）

インデックスが“ともだち”になった風斬と共に地下街で楽しんでいた上条たちは、風紀委員（ジャッジメント）の少女に呼び止められる。彼女は学園都市に侵入した“テロリスト”捕獲のため、地下街を閉鎖すると言う。

第23話：風斬氷華（トモダチ）

地下街は騒乱の渦中にあった。上条と別行動を取っていた風斬の前に、学園都市に潜入した魔術師･シェリー＝クロムウェルの放ったゴーレムが立ちはだかる。そこへ彼女の秘密を知った上条が駆け付け…。

第24話：虚数学区・五行機関

インデックスに矛先を向けたシェリーと対峙した上条は、彼女が戦う理由を聞かされる。上条の言葉に激高したシェリーは容赦ない攻撃を浴びせるが、上条はインデックスの言葉をヒントに何とか攻撃を回避する。