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第1話：STONE WORLD

高校生の大樹は、長年片想いをし続けている幼馴染み・杠に、ついに想いを告げようとした時、空がまばゆい光で覆われ、世界中の人類が一瞬にして石化した。それから約3700年後、大樹は石化から解放される。

第2話：KING OF THE STONE WORLD

石化から目覚めた千空と大樹は、文明が全て消えたストーンワールドで何度も実験を繰り返し、ついに石化を解く液体を完成させた。まずは、幼馴染みの杠を復活させようと試みるが、思わぬ事態が生じてしまう。

第3話：科学の武器

千空と大樹は、完成させた復活液で、霊長類最強の男・獅子王司の石化を解いた。しかし司は、純粋な若者だけを復活させて人類を浄化する、という過激な意志のもと、石化した大人を破壊し始めるのだった。

第4話：狼煙をあげろ

最強の武力を持つ司に対抗するため、千空は箱根で必要な素材を集めて火薬作りに着手。そんななか、千空たちは遠くで狼煙が上がっているのを発見し、ストーンワールドに自分たち以外の人間がいることを確信する。

第5話：STONE WORLD THE BEGINNING

千空たちは遠くに狼煙を発見するが、その相手と出会う前に、追いかけて来た司に見つかってしまう。杠を人質に取られた千空は、復活液のレシピを教え、「科学を捨てる」という司の取引を受け入れることができず…。

第6話：石の世界の二つの国

たった1人で石化から目覚めた千空は、文明が全て消えた世界でサバイバル生活をスタートさせた。千空は、体力バカの親友・大樹の石像を見つけ出して復活させる。今、大樹と杠も司に殺された千空の蘇生を試み…。

第7話：200万年の在処

謎の少女・コハクと出会った千空は、コハクたちが暮らす村へと案内された。そこで、たくさんの人間が生活する光景を目撃し、村人たちを仲間に引き入れようとたくらむ。しかし、自称・妖術使いの男・クロムが現れ…。

第8話：STONE ROAD

コハクの姉で村の巫女・ルリが病に侵されていることを知った千空は、科学の万能薬「サルファ剤」を作ると宣言した。早速、サルファ剤にたどり着くための壮大なロードマップを歩み始めが、早々に壁に突き当たる。

第9話：この手に科学の灯を

千空たちは、ルリの病を治すためサルファ剤を作ることに。多くの人手が必要で、ねこじゃらしラーメンで村人をもてなし、彼らの気持ちを掴む。そんななか、千空たちの前に怪しい男・あさぎりゲンが現れる。

第10話：薄っぺらの同盟

サルファ剤作りを進める千空たちの前に、司帝国のスパイ・あさぎりゲンが現れる。千空たちはゲンの動向を気にしつつも鉄を作り、ついに電気までも手に入れた。そんななか、ゲンが何者かに襲撃される。

第11話：CLEAR WORLD

ゲンは司に、「千空は死んでいた」と嘘の報告をし、千空とコーラで同盟を結んだ。一方コハクたちも、ルリを救うため、村の御前試合に出場して優勝を目指す。そんななか、千空は目が悪いスイカのために…。

第12話：背中合わせの仲間たち

千空は、職人のカセキを仲間に引き入れ、科学王国にラボを創設。サルファ剤作りの最難関素材・硫酸を入手するため、銀狼たちと一緒に森の奥地へとやってくる。しかし、銀狼は毒ガスの恐ろしさに怖じけづく。

第13話：仮面の戦士

千空たちは最難関素材・硫酸を入手した。必要な素材をほぼ揃え、ラボでのサルファ剤作りを一気に進めていく。そんななか、御前試合の優勝者には、サルファ剤に必要な最後の素材・酒が振る舞われることを知る。

第14話：MASTER OF FLAME

村の御前試合で優勝者に振る舞われる酒をゲットするため、千空たちは八百長試合を計画するが、第1試合から波乱の幕開けとなった。金狼対マグマの最強対決となり、マグマを圧倒していた金狼だが…。

第15話：200万年の結晶

御前試合。準決勝で、クロムはボロボロになりながらも戦い、強敵・マグマを撃破。そして、思わぬアクシデントで千空が優勝する。千空たちは、優勝者に振る舞われる酒を手に入れ、サルファ剤作りを進める。

第16話：幾千年物語

完成したサルファ剤によって、病が治ったルリ。千空は、娘の命を救ったことでコクヨウからも認められ、村の長となった。そして、巫女であるルリから、百物語・其之100『石神千空』が語られる。今から約3700年前…。

第17話：百の夜と千の空

村の巫女・ルリによると、この村はかつて宇宙飛行士であった千空の父・百夜が作ったものだった。石化現象が起きた時、宇宙ステーションにいた百夜たち6人の宇宙飛行士は、その原因を探るべく地球へ戻ろうとした。

第18話：STONE WARS

千空は、数千年の時を超えて、百夜からのメッセージを受け取った。村では新しい長の誕生を祝う宴が始まるが、司軍が攻め込んでくる情報が入る。警備をしていた金狼・銀狼の前に、司軍の戦闘員・氷月が現れ…。

第19話：そして現代へ

司軍の戦闘員・氷月たちが石神村を襲撃してきた。高い戦闘力を持つ氷月たちに対し、千空たちは日本刀で応戦する。千空たちが司軍に引きつけられている間に、氷月の部下・ほむらが村に火が放ち、燃え上がってしまう。

第20話：動力の時代

司軍に先制攻撃を仕掛けるため、情報戦を制する最強の武器・ケータイを作ると、千空は宣言した。しかし、石の世界の村人たちにとっては未知の領域だ。千空がまず始めたことは、なぜかあのスイーツ作りだった。

第21話：スパルタ工作クラブ

千空たちは司帝国との戦いに備え、ケータイ作りに着手。クロムのひらめきにより、水力発電所を手に入れた千空は、その動力で化学設備を整えていく。しかし、ケータイの心臓部である真空管をなかなか作りだせない。

第22話：THE TREASURE

千空たちは、スイカによって最強の耐熱金属・タングステンを発見。真空管作りの素材として、大量のタングステンが欲しい千空は、お宝探しの洞窟探検へと出発する。しかし、村の御前試合で恨みを抱いたマグマは…。

第23話：科学の波

洞窟探検で大量のタングステンを入手した千空は、一挙にケータイ製作を進めることに。クロムが加熱チームを任され、カセキは真空管作りを担う。石神村の全員が一致団結して臨み、ゴールが見えてくるのであった。

第24話：声は無限の彼方へ

石神村が一丸となってケータイを完成させ、現代戦最強の武器を手に入れた。クロムたちが実際に声が届くかテストするなか、千空は、ルリから発せられた「スピーカー」という単語に違和感を抱く。