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第1話：鋼の錬金術師

元国家錬金術師のアイザック・マクドゥーガルを捕縛するため「?の錬金術師」ロイ・マスタング、機械鎧の手足を持つ少年「鋼の錬金術師」エドワード・エルリックとその弟アルフォンス・エルリックらが動き出す。

第2話：はじまりの日

エドとアルは優しかった母を蘇らせようと、最大の禁忌である「人体錬成」に挑む。しかし、待っていたのはあまりにも大きな代償だった。ある日、絶望の淵に沈んでいた彼らの前にひとりの軍人が現れた。

第3話：邪教の街

エドとアルは「奇跡の業」を使うという教主の話を聞き、リオールという街にやって来た。レト教教主・コーネロは、等価交換の原則に反した錬金術を行っていた。真相を探ろうと、エドとアルはコーネロのもとを訪れる。

第4話：錬金術師の苦悩

エドとアルはロイより「綴命の錬金術師」ショウ・タッカーを紹介された。タッカーは人語を解する合成獣・キメラの錬成に成功した生体錬成の権威だ。エドたちはタッカー宅で資料を探す間、娘のニーナと親しくなる。

第5話：哀しみの雨

国家錬金術師だけを殺し続ける謎の人物「傷の男・スカー」がイーストシティに現れた。エドとアルは、街中で偶然スカーと遭遇。襲ってきたスカーに応戦するが、超絶的な体術と不思議な破壊の右手に圧倒される。

第6話：希望の道

壊れた機械鎧を直すため、エドとアルはアームストロングと共に故郷へ向かう。その道中、アームストロングが見かけた男の名はドクター・マルコー。かつて軍の研究所で錬金術を医療に応用する研究をしていた人物だ。

第7話：隠された真実

エドとアルはマルコーの研究資料を探すため、国立中央図書館第一分館へやってきた。しかし彼らが見たものは、全焼した分館の跡だった。エドたちはマルコーの資料が本当に分館にあったかを確認しようとする。

第8話：第五研究所

賢者の石の真実を探ろうと元第五研究所へ忍び込んだエドは、床に描かれた賢者の石の錬成陣を見つける。その時、鎧に身を包んだ男・ナンバー48が襲いかかってきた。一方、研究所の外にいたアルも襲われる。

第9話：創られた想い

第五研究所の戦いで、機械鎧を破損し、重傷を負ったエド。すぐにリゼンブールよりウィンリィを呼び寄せ機械鎧の修理をしてもらうことにした。一方、アルはバリーの一言によって心を乱されていた。

第10話：それぞれの行く先

エドとアルは病室で第五研究所の顛末をアームストロングやヒューズたちに話す。そこへ突然、姿を見せた大総統のキング・ブラッドレイ。軍内部に自分ですら掴み切れない不穏な存在があることなどを告げる。

第11話：ラッシュバレーの奇跡

エドとアルはウィンリィと共に機械鎧技師たちの聖地「ラッシュバレー」を訪れた。すると到着早々国家錬金術師の証・銀時計をパニーニャという少女に盗まれてしまう。だが、これを機に彼らは多くの人に出会う。

第12話：一は全、全は一

ダブリスに到着したエドとアルは師匠・イズミとの再会を果たす。邂逅の余韻覚めやらぬなか、エドはイズミより父・ホーエンハイムの消息を伝え聞いた。その晩、エドはイズミと初めて出会った時のことを思い出す。

第13話：ダブリスの獣たち

ロイはセントラルへ異動となった。一方、ホムンクルスたちに重傷を負わされたスカーも、セントラルへ向かおうとする。その頃、イズミのもとに滞留するアルに「おまえの秘密を知ってる」という者が接触を図ってきた。

第14話：地下にひそむ者たち

イズミの乱入でグリードとの戦いは転機を迎えたが、そこへキング・ブラッドレイ率いる国軍が突入し、グリード一派らの殲滅を開始する。グリードはアルを抱えて逃げようとするが、ブラッドレイ自らが立ちふさがる。

第15話：東方の使者

スカーとヨキの前にメイという謎の少女が現れる。「錬丹術」という術を使う彼女は東の大国・シンから、不老不死の法を求め、アメストリスへやってきたという。一方、エドとアルは行き倒れの少年・リンと知りあう。

第16話：戦友の足跡

バリーと接触したことでヒューズ殺害の真相を掴み始めたロイ。その動きは後にホムンクルスたちの知るところとなる。その頃、エドとアルはウィンリィと共にセントラルへやってきて、衝撃的な事実を告げられる。

第17話：冷徹なホノオ

ヒューズ殺害の犯人としてロスは軍に拘束される。彼女に不利な状況が続くなか、バリーがその留置所を襲撃。リンと共に、ロスを連れ出す。射殺も含めた捕獲命令が出るなか、エドとアルは中央司令部へ向かう。

第18話：小さな人間の傲慢な掌

ロイの命令によって、エドはセントラルにアルを残し、アームストロングと共にリゼンブールへ向かった。だが、到着早々、ブレダの手引きで秘密裏に伝説の王都・クセルクセス遺跡へと旅立つことになった。

第19話：死なざる者の死

ホムンクルスたちに向けたロイの作戦が大詰めを迎えた。ロイたちはバリーを追い、ハボックやアルと共に第三研究所の地下へ潜入。ハボックとロイは二手に分かれて進んだ先で、彼らを始末しにきたラストと遭遇する。

第20話：墓前の父

エドとアルの父、ヴァン・ホーエンハイムが久々にリゼンブールへ戻ってきた。しかし、母・トリシャに苦労をかけた彼に、エドは憎悪の感情を抱いていた。ホーエンハイムはエドたちが人体錬成を行ったことを知り…。

第21話：愚者の前進

エドとアルは、入院するロイとハボックを見舞う。そこで彼らは、ホムンクルスたちの根城と思しき範囲の一部に、大総統官邸が入っていることを知る。一同は自分たちが相対している存在の巨大さに戦慄を覚える。

第22話：遠くの背中

ランファンがブラッドレイに斬られ、すぐさまリンが助けに入る。しかし、彼もまたブラッドレイやグラトニーに追い詰められてしまう。一方、ウィンリィは、エドとアルがスカーと戦っていることを知る。

第23話：戦場の少女

ホムンクルスを捕らえるため、エドとアルはウィンリィを軍に託し、再度スカーとの戦いに赴く。また、ロイやホークアイらも現場へ向かう。その頃、リンはランファンを抱えながらブラッドレイと戦いを繰り広げる。

第24話：腹の中

ホムンクルスのアジトに捕らわれているマルコーは、ホムンクルスたちの目的が、アメストリス国民全てを巻き込んだ「国土錬成陣」の構築にあると考える。一方エド、アル、リンは暴走したグラトニーを止めようとする。

第25話：闇の扉

グラトニーに飲み込まれたエドは気がつくと、果てしない血の海と暗闇が広がる不思議な空間にいた。何とかリンと再会するが、脱出の手掛かりがない。彼らはやがて、一緒に飲み込まれたエンヴィーとも再会する。

第26話：再会

お父様に会うため、アルとシャオメイはグラトニーと共にホムンクルスたちのアジトへ向かう。シャオメイを探すメイとスカーも彼らの後を追った。エドとリンはグラトニーの腹の中で真の姿を現したエンヴィーと戦い…。

第27話：狭間の宴

どこかの村の祭りを見つめるホーエンハイムにある若い女が酒を持ってやってくる。彼女の名前はピナコ・ロックベル。ピナコは酒を飲みながらホーエンハイムと、この国の在り方、エドたちの旅路について語りあう。

第28話：おとうさま

グラトニーの案内でお父様のもとへ到着したアルとシャオメイ。その時突然グラトニーの腹が裂け、中からエド、リン、エンヴィーが出てきた。エドとアルは再会を喜ぶが、彼らの前へ現れたお父様の姿に驚く。

第29話：愚者の足掻き

エンヴィーらに捕まったエドとアルは、お父様の指示により中央司令部のブラッドレイのもとへ連れて行かれる。先に部屋にいたロイよりエドたちは、ホークアイ以下ロイの部下たちの異動話などを知らされる。

第30話：イシュヴァール殲滅戦

銃を返すためにホークアイのアパートを訪れたエドは、敵に対して銃撃できなかった事実を告げる。また、銃を持つことの重さ、それをホークアイが甘んじて引き受ける原因となったイシュヴァール戦について尋ねた。

第31話：520センズの約束

エドはアルと再会する。イシュヴァール戦後、生きることを諦めず、「目的を果たしたその先」を見据えるロイやホークアイらの話をし、自分たちも失った体を取り戻そうと決意。さらにエドはあることをアルに聞かせる。

第32話：大総統の息子

ヒューズの墓前でひそかにグラマンと会うロイはこれまでの顛末を話し、協力を得ようとする。一方、メイの行方が掴めないエドの元へアームストロングがやってきて、メイたちが北へ向かったことを伝えた。

第33話：ブリッグズの北壁

スカーとマルコーの跡を追ってキンブリーと捜索隊の一行は西へ向かった。錯綜する情報のなかで、キンブリーはスカーが西経由で北へ向かうと推理。その夜、スカーは北へと走る貨物車に潜り込む。

第34話：氷の女王

ブリッグズ要塞にたごり着いたエドとアルは、そこの指揮官・オリヴィエに自分たちがここに来た目的を話し、メイ捜索のための協力を要請。エドたちはメイを見つけるまでの間、要塞内の仕事を手伝うことになった。

第35話：この国のかたち

オリヴィエたちは、襲撃してきたホムンクルス・スロウスにブリッグズ流の反撃を開始。それは全てを凍てつかせてしまう驚くべきものだった。翌日、マイルズはキンブリーが近くの病院へ入院していることを知る。

第36話：家族の肖像

山の中でひとり佇むホーエンハイム。胸に指を突き立て、体内より赤い血の塊を解き放つ彼の脳裏には、在りし日の家族の思い出が蘇っていた。その頃、オリヴィエは軍のたくらみを聞き出そうとレイブンと談笑し…。

第37話：始まりの人造人間（ホムンクルス）

ブラッドレイの策略でウィンリィはブリッグズ要塞へ連れて来られた。エドとアルは、改めて自分たちの存在が敵側の手の内にあると実感する。一方、バッカニア率いる別隊はスロウスの掘ったトンネル内へ入る。

第38話：バズクールの激闘

スカーを捕まえるため、エド、アル、ウィンリィとキンブリー、マイルズたちはバズクールという街に来た。すると、軍の目を盗んでエドとアルは、独自にスカーと、彼と一緒にいるメイを探し出そうとする。

第39話：白昼の夢

エドとアルの奮闘で捕らえられたスカー。ウィンリィは自分の両親を殺した彼の傷の手当てをする。「俺を許すのか」と尋ねるスカーに対してウィンリィは「理不尽を許してはいない」と毅然とした態度で答える。

第40話：フラスコの中の小人（ホムンクルス）

ブラッドレイの命令で中央司令部へ召喚されたオリヴィエは、突破口を開くため、あえてブラッドレイの懐へ飛び込む。一方、ホークアイと再会を果たしたロイは彼女から暗号を伝えられ、大総統の息子の正体を知る。

第41話：奈落

キンブリーとその部下たちを始末しようとするマイルズらブリッグズ要塞の面々。エドは彼を生かしたまま捕らえることを提案。だがマイルズに「その甘さが君や仲間の命を奪うかもしれないのだぞ」と一喝される。

第42話：反撃の兆し

突如意識を失ったアルを抱え、ウィンリィたちは道中の山小屋へ立ち寄った。そこで休憩がてら、メイとマルコーはスカーの兄の書を読み解こうとする。途中、メイは意識の戻ったアルとマルコーの会話からヒントを得る。

第43話：蟻のひと噛み

アスベックというイシュヴァール人たちのスラムに身を寄せていたマルコーらのもとへ、エンヴィーがやってくる。マルコーやジェルソたちは応戦。しかし、巨大化したエンヴィーにマルコーが捕らえられてしまう。

第44話：バリンバリンの全開

アルたちはリオールでホーエンハイムと再会。アルはホーエンハイムに、これまでのいきさつや、エドが現在行方不明になっていることを伝える。ノースシティの銀行では、ダリウスがエドの口座より金を引き出していた。

第45話：約束の日

シンへ帰るため、メイは東部の街・ユースウェルへ立ち寄った。すると、街の人々から手厚いもてなしを受ける。アメストリスの人々を見捨てて、自国へ戻ることに躊躇していた彼女の心は揺れに揺れた。

第46話：迫る影

「約束の日」を前に、ウィンリィはリゼンブールの自宅へ戻り、そこでエドと思わぬ再会を果たす。また、マイルズと共に秘密裏に東部へ来ていたアルは、再び肉体に魂が引っ張られる感覚に襲われる。

第47話：闇の使者

カナマという集落でエドたちはホーエンハイムと再会。エドはホーエンハイムの身体の秘密や、お父様が翌日の日蝕を利用して、真理の扉を開けようとしていることを知る。また、エドは母・トリシャからの遺言を伝える。

第48話：地下道の誓い

復活を果たしたランファンの手助けで、一挙に形勢逆転を果たしたエドたち。ところがその頃、別の場所ではハインケルが、屈強なプライドに苦戦を強いられていた。やがてプライドの影が復活する。

第49話：親子の情

非情なやり方でグラトニーの能力を手に入れたプライド。エドたちは、あっという間に追い詰められてしまう。その頃、別の場所で息を吹き返したアルは、自分が原因で兄たちが窮地に陥っていることを知り…。

第50話：セントラル動乱

ブラッドレイ夫人を人質に取り、ロイは中央司令部へ反逆の狼煙を上げた。その反乱は、ロイ一派の攻撃、そして予期せぬ所から出現したチャーリー隊やブリッグズ軍らの加勢により、激しい市街戦へと突入する。

第51話：不死の軍団

大量の人形兵たちが解き放たれた。不死身の一群は、軍上層部の人間をも食い殺し、エドたちに襲いかかる。一方、公然と軍上層部に反乱を起こしたオリヴィエの前にも、スロウスが立ちはだかった。

第52話：みんなの力

ハインケルの言葉によって、アルはついに賢者の石の力を使うことを決意した。石に閉じ込められた魂たちの力を駆使して、プライドとキンブリー2人を相手にする。アルは互角かつ凄まじい戦いを繰り広げる。

第53話：復讐の炎

ブレダら反乱軍一派はセントラルのラジオ局を占拠した。彼らはそこで、大総統へクーデターを起こそうとしているのは軍上層部で、自分たちはそれを阻止するために動いているのだと、うその大義名分を国民に伝える。

第54話：烈火の先に

ロイとホークアイはエンヴィーの仕掛けたわなを絶妙なコンビネーションで乗り切る。限界超えたエンヴィーは再び小さなトカゲのような姿になった。何かに憑かれたようにロイは、エンヴィーにとどめを刺そうとする。

第55話：大人たちの生き様

中央司令部本部を占領したブリッグズ軍。その頃、オリヴィエとアームストロングは生き残った中央軍の兵士らと共に大量の人形兵と戦っていたが、スロウスが再び動き始め、彼らに瀕死の重傷を負わせる。

第56話：大総統の帰還

ホーエンハイムはお父様と対峙する。自らの中にある53万6329人の魂たちと対話を終えていたホーエンハイムは、彼らを使い、お父様の身体の破壊を試みる。一方、ブリッグズ軍はブラッドレイを一斉に攻撃する。

第57話：永遠の暇（いとま）

お父様を見つけ出そうとして地下を進むエドやロイたち。その途中の広間では、金の差し歯をした医者と出会う。その医者は自分のことを「キング・ブラッドレイを作った男」と紹介し、ロイがいると知ると…。

第58話：ひとばしら

フーとバッカニアの決死の連携やランファン、ブリッグズ兵らの手助けで、グリードはついにブラッドレイを城壁より叩き落とす。リンは、フーを助けてくれたバッカニアの最後の頼みを聞き、中央兵へ猛攻を仕掛ける。

第59話：失われた光

メイやザンパノたちは、一瞬の隙を突いて、金歯医者とロイの対決場所に襲来する。一挙にその場の形勢を逆転させるが、そこへ何とプライドと、死んだと思われていたブラッドレイが姿を現し、ロイに襲いかかる。

第60話：天の瞳、地の扉

5人の人柱がお父様のもとに出揃った。しかし、エドやアルたちは諦めることなく、メイ共々、国土錬成陣の発動までにお父様やセリムを倒そうとする。その一方で、ブラッドレイとスカーの戦いも始まった。

第61話：神を呑みこみし者

アメストリス国民全員の命を使ってお父様は天の扉から強大な力を引き出した。彼はそれを「神の力」と呼ぶ。全てが絶望的になったと思われたその時、ホーエンハイムの仕掛けた錬成陣が発動する。

第62話：凄絶なる反撃

ホーエンハイムの策略によって身体からアメストリス国民の魂を失ったお父様。ところが、自身の中にある神の力を保持し続けるために、自分の周囲にいる人間たちに襲いかかり、魂を得ようとする。

第63話：扉の向こう側

鋼の錬金術師の兄、エドワード・エルリック。また、弟のアルフォンス・エルリックは巨大な鎧に魂を定着された。彼らは「賢者の石」を探す旅に出た。そして、アメストリスの命運をかけた最後の戦いが激化する。

第64話：旅路の涯

鋼の錬金術師の名を背負った兄のエドワード・エルリック。また、弟のアルフォンス・エルリックは巨大な鎧に魂を定着された。彼らは「賢者の石」を探す長い旅に出た。そんな兄弟の旅が終わりを迎える。