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1話：Pandora Returns

アラスカの上空を飛ぶ飛行機の機内に鳴り響くアラート音。行き先も知らされず飛行機に乗せられたサテラ、カズヤ、ラナの3人は、救援要請が発信された場所へと向かう。

2話：Evolution Pandora

世界各国のゼネティックスからEパンドラ研究所に集められた選りすぐりのパンドラたち。オリジナル・パンドラとEパンドラの比較データを測定するため双方が1対1で戦う模擬戦が行われていた。

3話：Mark IV

自己増殖型ナノマシン「マークIV」はEパンドラに投与して能力をオリジナル・パンドラと同等まで引き上げるが、前回の実験で生死の境を彷徨ったアミリアは、大原に投与の中止を求める。

4話：Mate

「マークIV」の投与によるEパンドラ強化実験の成功を告げるシュバリエ。しかしその裏では被験者であったジーナのノヴァ化が始まっていた。ノヴァ化を止める手立てはなく…。

5話：Noblesse Oblige

Eパンドラ計画に疑問を感じたエリザベスは、これ以上犠牲者が出ることのないよう、研究所での顛末を記したレポートをメイブリー家へ送るが…。

6話：Marionettes

サテラの姉のバイオレットが支配人を勤めるホテルに来たサテラとカズヤ。サテラはエリザベス同様に、Eパンドラにこれ以上の犠牲者を出すまいとエル＝ブリジット家への口添えをバイオレットに頼む。

7話：Spellbound

弟であるルイスとの間に確執を抱えるサテラ。しかし、カズヤのサテラを慕う真っ直ぐな気持ちにより、サテラは一歩を踏み出す覚悟を決める。

8話：Rebellion

Eパンドラ計画を推進するマーク・スペンサーは、ジーナに続く、第2、第3の成功例を作るため、Eパンドラを補充し、再び「マークIV」の投与実験を行うことを大原に告げる。

9話：Traitor

Eパンドラの暴動を鎮圧すべく、アミリアの前にユリアが立ちはだかる。間一髪のところで助けに入ったサテラだったが、自らマークを投与したアミリアの体は徐々にノヴァ化を始めていた。

10話：True Pandora

キャシーとユリア、エリザベスとシャルルの戦いが激化する一方、先を急ぐアミリアたちの前にシフォンが姿を現す。アミリアを先に行かせようとするサテラとラナだったが…。

11話：Nova Crash

ラボにたどり着いたアミリアは、目の前に広がる光景に愕然とする。大原に裏切られたことを知り怒るアミリアだったが、聖痕とのシンクロを無効化するバリアによって為す術なく倒れてしまう。

12話：Shaft of light

ノヴァを圧倒するシフォン。その力はパンドラ個人が持ち得る力の限界を優に超えるものだった。しかしノヴァのビーム攻撃を防ぐために力を使い過ぎたことから、シフォンの皮膚は音を立てて硬化する。