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1話：ONE DAY

“現在の医療技術では、治療は不可能”とをいわれた祐司は、冷凍睡眠（スリーパー）となった。それから十数年、目覚めた祐司は、人を襲う異形の怪物を目撃する。

2話：CRY

マリーンたちが一夜を過ごすために立ち寄った街で、祐司が助け出された理由やBLUEのことを聞かされた。スペースポートで自分以外に救出されたスリーパーたちを見た祐司は、駆け寄っていくが…!?

3話：TRIAL

マリーンたちは、韓国の回収部隊と合流することに。マリーンに生きる術、戦う術を教わる祐司。韓国へと渡る貨物船を見つけ、あとは乗り込むだけという瞬間、BLUEの襲撃が…！

4話：AGONY

韓国の回収部隊は壊滅させられていた。次の手を考えるにも、安全を確保しなければならない。BLUEに襲われる少女を助けようという祐司を無視するマリーンたちに業を煮やし少女を助けにいく。

5話：PRIORITY

連絡では、残存部隊がロシアのバイコヌール基地に集結しているとのこと。身の危険を感じて、その場を去ろうとするマリーンたちは、BLUEに見つかり戦闘を余儀なくされてしまう。

6話：RELATION

祐司の中で何かが変わった。祐司は言う。「ここで生きるということがどういうことなのかはわからない。でも、俺は生きている。だから、自分の思ったままにやる」と。

7話：SYMPATH

オアシス。そこはBLUEの住処だった。窮地に陥る祐司たち。それをダイスと名乗る男が救う。マリーンはダイスに安全な航路を教えるよう命令する。夜が明け、祐司はマリーンがいないことに気づく。

8話：OASIS

砂嵐の中を強行するマリーンたちは、祐司を見失ってしまう。口では“命令で祐司を”と言ってるが、心では祐司のことを心配しているマリーン。その頃、祐司は遊牧民のエリナに助けられていた。

9話：CONFIRM

無事マリーンたちと再会した祐司。だが、祐司はバイコヌールに行かず、ここで生きると言う。そして祐司と別れ、バイコヌールへ向かう準備をするマリーンたち。そこにBLUEが！ 揺れ動く祐司…

10話：TACTICS

基地を守る“オート・マトン”のバグによってバイコヌールは何者も近づけぬ無人の要塞と化していた。“セカンド・アース”へ帰還するため、マリーンたちは作戦を展開。その作戦とは…!?

11話：GO MAD

ハンはスリーパーである女性を愛するあまり、独断でシャトルを発射しようとするが、電力供給不足のため発射が出来ない。地下へおりた祐司たちは、電力を生活エネルギーとする新種のBLUEを発見。

12話：PROGRESS

マリーンを庇って負傷した祐司が、医務室へと運ばれた。“部隊任務不適合”の判決を下され、再度訓練を受ける。訓練で負傷したマリーンは医療ステーションへ。そこで祐司のことが気になり…!?

13話：HERESY

祐司に会いたい思いがマリーンを突き動かす。祐司を探す手がかりであるセノ・ミヤギに会う以外に道のないマリーンは強行手段をとり祐司の居所を突き止める。だが、そこにいた祐司は…!?

14話：SET

再会を果たした祐司とマリーン。ふたりは、なぜスリーパー回収が最重要事項になったのかを知る。祐司は自ら戦うことを承諾した。ただひとつ、マリーンをパートナーとすることを条件として。

15話：CALM

アリシアに連れられ、薄暗い通路をいく祐司。「何処にいくのか？」と訊いても「良い所」としかアリシアは応えない。その上、道に迷ってしまう。アリシアに連れられる祐司を見たマリーンは？！

16話：A SIGN

BLUE掃討作戦が苦戦を強いられる中、トニーは新型アーマー・シュライクでBLUEの巣を破壊する。トニーに触発されたのか、対抗意識からか、祐司は自分の力を証明するかのように無謀な戦闘に出る。

17話：ECOLOSION

“セカンド・アース”への帰路の途中にBLUEの巣が存在した。これを迂回していては予定時刻に間に合わない。そこで隊を二手に分け、祐司とマリーンがオトリとなる陽動作戦を祐司が提案。

18話：CHAOS

BLUEとの戦闘で見せた祐司の異常性が、マリーンを苦しませていた。そんなとき、マリーンは自分が常に監視されていることに気づく。マリーンはセノからBLUEとB細胞との繋がりを聞かされる。

19話：COLLAPSE

祐司たちは第２次降下作戦に参加していた。その頃、“セカンド・アース”で起こったクーデターは一応の成功を納めた。祐司のことが気がかりなマリーンは地球へ降下し、祐司と再会する。

20話：VERSUS

B細胞活性化による祐司のBLUE化はマリーンの予想を超えてかなり進んでいた。正常な判断が出来なくなっている祐司により、マリーンは撃破される。作戦を逸脱して、BLUE殲滅を進める祐司。

21話：JOKER

死んだと思われていたトニーから通信が！ビクター総帥は“セカンド・アース”の全権を取り戻すためにトニーを迎え入れる。だが、着艦したシャトルのコンテナから大量のBLUEが出現した。

22話：DOGMA

B細胞の暴走で狂気に走るトニー。それを止めるために祐司とマリーンは医療ステーションへ潜入。中央コンピュータへは困難を極め、待避することに。そこで、アリシアに再会したが！？

23話：SOLISTE

祐司たちの阻止もむなしく、医療ステーションは軍事ステーションへと進行を開始。なぜBLUEが生まれたのか、なぜ自分たちに同じB細胞があるのか、BLUEをB細胞を生んだ大いなる意志とは。

24話：COMPASS

トニーとアリシアを飲み込んで爆発した医療ステーション。セノは地球を捨て、“セカンド・アース”に引きこもることを決める。全ての真相を知るため、祐司は地球へいくことを決め…

25話：ADAGIO

BLUEたちは“ギアナ高地”に集結していた。それを調査するため祐司は地球へと降下した。村人からBLUEが通った道を教えられ、その道をさかのぼり洞穴へと進入していく。そこで見た物は…？

26話：LET ME

新種のBLUE…。コアの存在しないBLUEの最終形態。地球は本当に人類を駆除しようとしているのか？ 祐司は光の中へと入っていく。地上の人々、マリーン、生まれてくる子供たちのために。