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1話：出会い

誠鷹高等学校に通う友人思いの少年・渡瀬青葉。夏休みが明けて登校した青葉は、友人とバスケットボールをしている時、謎のロボットに襲われる。それは、未来からやってきた人型戦闘機・ヴァリアンサーだった。

2話：ナイスカップリング

雛と共に特異点に飛び込み、光に包まれた青葉。そこは連合軍の試作、ヴァリアンサー・ルクシオンの中だった。砲火が飛び交う周囲の現状を理解できない青葉を尻目に、ルクシオンはナイスカップリング反応を示す。

3話：再会

自由条約連合と新エネルギー大国・大ゾギリア共和国との世界大戦、そして連合が生み出したカップリングシステムについて、青葉は説明を受ける。だが、時間を超えることができた理由と、雛の消息は不明のままだった。

4話：決断の時

自分をかばって深手を負ったリーたちと共にシグナスに戻った青葉は、ディオに激しく叱責される。そして何とか敵を退けたシグナスは、補給のため習志野基地へ入港。青葉は倉光の計らいで下船許可を得た。

5話：傷跡

ゾギリア軍の航空艦に襲われていたディオの父・隼鷹貞道の船を救った青葉とディオだが、ディオと貞道の険悪な雰囲気に青葉は疑問を抱く。翌日、青葉はシグナスへの乗船を拒まれるディオの妹・フィオナを見つける。

6話：もう一人のカップラー

機密事項のカップリングシステムが公になった。連合本部は、民衆を味方につけるためシステムのプロモーションビデオの制作を決定。カップリング機であるルクシオンに乗れると思い、浮き足立つ青葉だったが…。

7話：バディ

正式に配属となったフロムを加えてハワイ基地へ向かうシグナスは、ゾギリア親衛師団の旗艦・ゲイボルグの追跡を振り切るため、接近中の暴風雨と地形を利用していったん身を隠した。ところが、見つかってしまい…。

8話：嵐の夜

青葉のルクシオンとヒナのフォルトナが、嵐の中で消息を絶った。シグナスは嵐が収まるまで身動きが取れず、ゾギリア側も親衛師団長の捜索が優先されるなか、青葉とヒナの機体は無人島に不時着していた。

9話：カップリングシステム

過去へ戻る唯一の鍵だと思っていたヒナが、自分の知る雛とは別人だとわかり、青葉はひそかに落ち込む。そんななか、カップリングシステム開発チームのリーダーだったドクター・フェルミが、突然シグナスに現れる。

10話：父と子

シグナスの面々がドクター・フェルミの葬儀に参列。そこでディオは父・貞道がいることに気づく。そんななか、半舷上陸を許可された青葉とディオ、まゆかの3人は、シグナスクルーに頼まれてお使いに出かける。

11話：真実

連合のカップリング機強奪の命を受けたリャザン少佐は、ヒナやビゾンを加えた部下たちと共にハワイ基地に潜入。格納庫の中でルクシオンとブラディオンを発見するが、リャザンはヒナをかばって撃たれてしまう。

12話：ふたりの絆

青葉とカップリングしたディオは、青葉の過去を垣間見て、本当に彼が過去から来たのだと確信する。アラスカのゾギリア基地では、ビゾンとヒナが持ち帰ったルクシオンとブラディオンをドクター・ハーンが解析する。

13話：アクセプション

アラスカに隠されたゾギリアの超巨大砲・ガラプーシカの一撃により、甚大なダメージを受けた連合主力艦隊。さらに、ヒナとビゾンが操る新型カップリング機・カルラとネルガルが、連合主力艦隊に追い打ちをかける。