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1話：出会い

ある日クレインは謎の飛行船に追われる少女を助ける。シスター服を着たその少女はフリュネと名乗った。彼女との出会いがクレインの日常を変えていく。

2話：ネッサ

フリュネが残したブローチから出てきたのは幼い女の子ドッペル・ネッサだった。普通のドッペルとは違う触れるドッペルに戸惑うクレイン。天真爛漫・無邪気なネッサは行く先々で問題を起こし…!?

3話：グラニッツの村

フリュネを追っていたエンリにネッサと共に捕らわれてしまったクレイン！ 連れてこられたのはフラクタルシステムに頼らない生活を送るロストミレニアムの人々が住むグラニッツ村だった。

4話：出発

星祭り会場に現れたフリュネ。スンダは襲撃を諦め、「世界の鍵」・フリュネを僧院側から誘拐。それにより僧院から指名手配されたグラニッツ一家は、フリュネを連れて村から離れる決断をする。

5話：旅路

グラニッツ一家と共にダナンに乗ることになったクレインとフリュネ。フリュネは人質としてだが、付録扱いのクレインにはイマイチ居場所がない。そんな中、ダナンに異常事態が発生し…!?

6話：最果ての町

ダナンのメンテナンスのため立ち寄った場所は、フラクタルの加護を失った圏外難民がさまよう土地だった。フラクタルシステムの現状を知ったクレインは、カメラを持った怪しげな男と知り合う。

7話：虚飾の街

水探しの途中ではぐれたクレインとネッサ。ミーガンというドッペルに助けられたクレインは完全都市「ザナドゥ」へとやってきて、何者かから妨害を受け高熱にうなされるネッサを発見する。

8話：地下の秘密

バローに捕らわれてしまったクレインとフリュネ。重傷を負ったクレインを人質に取られ、フリュネはバローの仕打ちに耐えるしかない状況に。一方、クレインはネッサと同じ容姿の女の子に出会う。

9話：追いつめられて

クレインとフリュネはグラニッツのメンバーと合流。フリュネとネッサの秘密、「鍵」の秘密をを知るクレイン。フリュネもネッサも自分にとって大切な人だとクレインは２人を守る決意を固める。

10話：僧院へ

ついにロスミレ派と僧院の全面戦争が始まってしまった。僧院を急襲するロスミレ艦隊、応戦する僧院、そのさなかに、飛行船に乗ったクレインとネッサがやってきて、グラニッツと合流する事に…!?

11話：楽園

フラクタル・システムを巡った激しい攻防。システムの再起動を強行するモーラン、阻止しようとするディアス、混乱の渦に巻き込まれたクレインは、ある重大な選択を託される…!!