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第1話：リトルガーデン

人類を襲う謎の異種生命体・サベージに対抗しうる唯一の武器・ハンドレッド。海上学園都市艦・リトルガーデンはそれを扱える武芸者（スレイヤー）を養成する機関だ。そこに、如月ハヤトが入学してくる。

第2話：絶対無敵の女王《パーフェクトクイーン》

ハヤトはクレアとのデュエルの最中、一部の武芸者武芸者（スレイヤー）しか為しえない全身武装を展開するが、クレアも全身武装して対抗する。クレアはハヤトの才能に目を付け、少数精鋭部隊に加わるよう勧める。

第3話：ヴァリアント覚醒

ツヴァイ諸島にて、初めてサベージを相手に実戦に挑むハヤト。エミールと共に善戦するが、巨大種・トレンタ級サベージに苦戦する。ダウンしたリディを守ろうとしたエミールだったが、サベージに襲われ…。

第4話：ボディーガード

ハヤトに、世界的な歌姫・霧島サクラのボディーガードという任務が舞い込んできた。天真爛漫なサクラにハヤトは手玉に取られ、これが世界的な歌姫なのかと疑心暗鬼だったが、ライブ会場でのパフォーマンスを見て…。

第5話：イミテーション・ガール

ハヤトとエミリアは、ツヴァイ諸島の市街地でひと時の2人の時間を楽しんでいた。しかし、クレアからサクラが姿を消してしまったという連絡が入る。やがて、サクラはハヤトの前に現れ、彼を連行していく。

第6話：歌姫のラブソング

ハヤトとサクラは、ツヴァイ大峡谷からバスで帰る途中サベージに襲われる。2人はハンドレッドの能力を使って応戦。リトルガーデンの仲間たちも加わったが、その時3人組の謎のスレイヤーが現れる。

第7話：囚われの荊姫

ツヴァイ諸島でサベージや謎の3人組のハンターとの戦闘を終え、ハヤトとリトルガーデンの面々は束の間の休息を満喫しようと南の島へ訪れた。そんな中、ジュダルがヘリで現れ、ハヤトをある所に連れて行く。

第8話：湖畔の夜

サベージ掃討作戦は順調に進んでいたが、そんな中どうしてもハヤトとエミリアの仲を引き裂きたいクラウディアがある策略を施す。結果、2人きりになったハヤトとクレアは良い雰囲気になるが、そこに緊急連絡が入る。

第9話：新種（ドラゴンタイプ）

3人組のハンターと対峙するクレア。しかし、雨が降ってきたため、クレアの攻撃は出力が落ちて3人にダメージを与えることができない。ピンチに陥るクレアだが、その時リトルガーデンの面々が加勢に現れる。

第10話：学園祭（フェスタ）

もうすぐ学園際が催されるリトルガーデン。その警備を手伝うため、さまざまな国の武芸者たちがリトルガーデンに集まってきた。学園祭が始まって盛り上がる中、ヴィタリー・トゥイニャーノフが潜入してくる。

第11話：ガーデンズ・クライシス

ガーデンズ・フェスタで、歌姫・霧島サクラのライブの最中、如月カレンが歌手として舞台に立つ。そんな中、艦内各所では蜂型のメカによる騒ぎが起き始める。これはヴィタリーによって周到に計画されたものだった。

第12話：仲間

ヴィタリーによってリトルガーデン艦内に放たれた人造サベージ・レプリカントと対峙する武芸者たち。ヴィタリーの操り人形と化していたクロヴァンたちは、メイメイの助けもあって元の自分を取り戻すのだが…。