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第1話：変身

ある夜、寝静まった一軒の家、高校生の泉新一のもとに人間の脳を食べ、寄生するパラサイトの卵が降ってきた。パラサイトは寝ていた新一を襲う。しかし、抵抗されて脳への侵入に失敗し、そのまま右腕に宿ってしまう。

第2話：肉体の悪魔

泉新一と右腕に寄生したパラサイトは、共に意に沿わない形での共生生活を送る。そんななか、パラサイトは自ら「ミギー」と名乗った。新一は世界各地でミンチ殺人が起きていることを知り、パラサイトとの関係を疑う。

第3話：饗宴

ミンチ殺人の被害者が増加するなか、真相を知る新一は葛藤に頭を悩ませていた。通学中、突如ミギーから仲間が近くにいると聞かされた新一は、向かった先で愕然とする。そこは新一が通う西高だった。

第4話：みだれ髪

殺人鬼A事件の後、新一は普段の生活を取り戻すが、元気が戻らない。心配する母・信子が新一に話かけるが、取り合わない。息子の様子がおかしいことを信子は夫に打ち明ける。そんな信子の手には火傷の痕があった。

第5話：異邦人

遅刻したため道中を急ぐ新一は、不良グループに絡まれている長井と遭遇。そこで新一は長井のことをかばう。そこに女子高生・君嶋加奈が現れる。その後、新一は里美の手当てを受け、良い雰囲気になるのだが…。

第6話：日はまた昇る

パラサイトと化した母・信子に胸を貫かれた新一だが、ミギーの懸命な処置によって一命を取り留める。目を覚ました新一は一連の出来事が夢ではなかったことに呆然とする。そこへ病院から連絡が入った。

第7話：暗夜行路

母の敵であるパラサイトを発見したと思いきや、その正体は自分と同じ様な境遇の宇田守であった。2人は互いに自分の境遇を語りあう。新一の置かれた現状を不憫に思った宇田は、協力することを申し出た。

第8話：氷点

両親の件も一応は落ち着き、新一は日常生活に戻る。ミギーの細胞が全身に散らばった状態の彼は、身体能力も飛躍的に上がり、ミツオをも軽くあしらってしまう。しかし、心までも変化しているのではないかと苦悩する。

第9話：善悪の彼岸

島田秀雄に惹かれる裕子だが、彼の顔に次第に違和感を覚える。彼女は島田を追っていくなかで刑事の兄が関わっている事件と彼とを結びつける。一方、新一は島田の行動に翻弄され、また人間性を見失い始める。

第10話：発狂した宇宙

パラサイト・島田秀雄が暴走する。猛獣と化してしまった島田には理性や思考のかけらも残されてはいなかった。また、逃げ遅れた里美のクラスが島田の餌食となり、校内は凄惨な殺人現場へと化した。

第11話：青い鳥

加奈の中で、新一の存在は大きくなる。新一はそんな彼女の能力を危惧するが、真実を打ち明けられない。当たり前の日常の中で、里美は新一への不信感に葛藤する。また、暴力団事務所に1匹のパラサイトが乗り込む。

第12話：こころ

加奈の特殊な能力は日に日にその力を増していった。これ以上放っておくことは彼女自身の身に危険が及ぶ可能性があると考えた新一は、加奈にパラサイトのことを全て打ち明けた。新一は加奈を助けたいのだが…。

第13話：悲しみよこんにちは

加奈の事件から数日が経過し、新一は何事もなかったかのように振る舞う。美里たちは、その姿に違和感を覚えていた。新一自身も心が正常ではないようで悩んでいた。そんななか、ある男が新一の身辺を嗅ぎ回る。

第14話：利己的な遺伝子

新一は、田村に雇われている探偵・倉森に、自分の素性がばれてしまった。彼は精神的にも追い詰められ、里美に秘密を明かそうとする。ところが、何ひとつ話せないまま互いの距離は遠のいてしまった。

第15話：何かが道をやって来る

倉森は懐疑的ながらも一応は納得して、新一の存在を認めた。しかし、その考えもパラサイトによる殺人を目の当たりにして豹変。倉森に協力を求める新一だが、恐ろしくなった倉森はこの件から身を引くと言う。

第16話：幸福な家庭

新一の前に現れたパラサイトは、いつもとはやや様子が違っていた。そのパラサイトは自らを三木と名乗り、口調が軽く、豊かな表情で新一へと迫ってくる。戸惑いつつもミギーが眠っている間、新一は必死に逃げる。

第17話：瀕死の探偵

草野は田村の行動が危険だと判断し、仲間と共に田村の排除にかかる。その一方、大事な家族を殺された倉森は、田村の赤ちゃんを誘拐。田村は、赤ちゃんを抱いて公園で待っていた倉森と対峙するが…。

第18話：人間以上

新一が待ち合わせに指定された公園に着くと、そこには赤ちゃんを抱いた田村がいた。人間とパラサイトのことに関して答えを求めてきた田村を前に、受け入れがたいその存在を前にして、新一はあることを想う。

第19話：冷血

平間は、パラサイトによる一連の事件に新一が深く関与しているとにらみ、特別な感性を持つ囚人の浦上と引き合わせる。新一は容疑が晴れ、高校生活へと戻った。だが、平間はまたしても新一の前に現れる。

第20話：罪と罰

警察と特殊部隊の共闘で、広川率いるパラサイト掃討作戦が始まった。山岸率いる特殊部隊は、特殊なセンサーを駆使して、混乱を起こしながらも確実にパラサイトたちを追い詰めていった。しかし、戦況は変わり…。

第21話：性と聖

パラサイト側のリーダー・広川も仕留め、残党を始末するのみと思いきや、最強のパラサイト・後藤の手によって、特殊部隊は窮地に追い込まれる。新一は後藤だけは仕留められなかったという事実を重く受け止める。

第22話：静と醒

里美に生きる力をもらった新一は、後藤と戦う決心をする。山の中で、ミギーと協力しあい後藤相手にも有利に戦いを進める新一。しかし、あと一歩というところで仕留めることができず、さらにミギーをも失う。

第23話：生と誓

一軒屋に住む老婆は美津代と名乗り、新一を暖かく迎え入れてくれた。また、美津代は生に対して自棄になっている新一に激しい口調で檄を飛ばす。その言葉を礎にして後藤と決着をつけるため、新一は山へと戻った。

第24話：stage 寄生獣

後藤との決着がつき、新一に本当の平穏が訪れた。ミギーからの一方的な別れに落ち込みはするが、通常の生活を取り戻そうと、受験勉強に励む。しかし、その平穏を脅かす存在が新一と里美の前に現れた。