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第1話：奈々生、神様になる

父親の借金のせいで住む家をなくした桃園奈々生は、公園で怪しげな男・ミカゲから家を譲られる。しかし行ってみた先は廃神社。実はミカゲは土地神で、奈々生に神の印を与え社を譲ったのだった。

第2話：神様、ねらわれる

巴衛が神使になり、ミカゲ社で暮らしはじめた奈々生。ある日、奈々生の通う高校に超人気ビジュアル系アイドル・KURAMA（鞍馬）が転入してくる。奈々生は鞍馬見たさに学校に行こうとするが…!?

第3話：神様、縁をむすぶ

ミカゲ社に、ミカゲと友好関係にあった沼皇女が挨拶にやってくる。巴衛は人間の娘が土地神になったと知られてはまずいと考え、奈々生を会わせずその場をやり過ごそうとするが…!?

第4話：神様、拐かされる

学校に迷い込んだ白蛇を助けた奈々生。そのとき、白蛇からの一方的な婚約の印を腕に付けられてしまう。巴衛は白蛇から奈々生を守るため、人間に化けて奈々生のクラスに転入することに。

第5話：神様、家をうしなう

ミカゲが神の印を奈々生に譲ったことを知った雷神・鳴神姫が、印を奪いにくる。それを阻止しようとした巴衛だったが、打出の小槌で体を幼児にされてしまい、奈々生も神の印と社を奪われてしまう。

第6話：神様、風邪をひく

神と神使の再契約のキスをした奈々生と巴衛。その日から巴衛を見るとドキドキしてしまう奈々生。巴衛は朝食を食べている奈々生が熱を出していることに気付くが…!?

第7話：神様、デートに誘う

猫田あみから鞍馬に助けてもらったお礼を言いたいと相談をされる奈々生。しかし鞍馬はいつも女子生徒に囲まれているため1人になるタイミングがない。白札を使い２人が話せるきっかけをつくるが…!?

第8話：神様、海へいく

水族館に行って以来、巴衛と自然に接することができない奈々生。巴衛の態度は変わらないが、奈々生にこれまでのように触れてはこない。元気のない奈々生を見たあみは、奈々生を海水浴に誘うが…!?

第9話：神様、竜宮城にいく

過去に巴衛が奪った龍王の右目を取り戻すため、時廻の香炉で過去に行く奈々生と瑞希。そこで右目を持った野狐の巴衛と出会う。奈々生は巴衛を尾行した民家で、人間の女性・雪路と恋仲だと知り…!?

第10話：『巴衛、神使になる』『神様、合コンにいく』

今より数百年前。神堕ちと契約し、その契約が果たせず呪を受け瀕死状態にあった巴衛は、土地神・ミカゲと出会う。ミカゲはその呪いの進行を止めるため、巴衛に忘却の暗示をかけ過去を忘れさせた。

第11話：神使、街にでかける

奈々生と巴衛は学校に行き、社で留守番中の瑞希は、その不公平さを感じていた。瑞希はテレビに映ったアイドルの鞍馬を見て、人間社会に溶け込む妖術を学ぼうと、鞍馬に会いに街にでかける。

第12話：奈々生、神様をやめる

今日も参拝者ゼロのミカゲ社。実は近くの住人から「お化け神社」「廃神社」と呼ばれ、敬遠されていた。そのことを知った奈々生は、なんとか人に来てもらおうと、ミカゲ社で祭を企画する。

第13話：神様はじめました

ミカゲ社に蔓延る瘴気を払うことができず、土地神としての自信をなくした奈々生は、ミカゲ社を出ていってしまう。巴衛と瑞希が街中を必死に捜すも見つからない。