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第1話：96年目の出発

ネオ・ジオン軍と地球連邦軍が戦火を交えた「シャアの反乱」から3年後の宇宙世紀0096年。工業コロニーのインダストリアル7に住む少年、バナージ・リンクスは、オードリー・バーンと名乗る謎の少女と出会った。

第2話：最初の血

戦争の火種となる「ラプラスの箱」の取引を止めるため、オードリーはビスト財団当主のカーディアスに会おうとする。しかし、地球連邦軍と「袖付き」の間で戦闘が起き、コロニーは戦場と化した。

第3話：それはガンダムと呼ばれた

「ラプラスの箱」をめぐる戦闘でインダストリアル7は戦場と化す。そんな中、オードリーを探して戦火を駆け回るバナージは、「箱」の鍵となる純白のモビルスーツ・ユニコーンガンダムと運命的な出会いを果たす。

第4話：フル・フロンタル追撃

クシャトリヤを退け、戦闘後に気絶したバナージは、収容されたネェル・アーガマでオードリーと再会する。しかし、そこへネオ・ジオン残党軍「袖付き」の首魁、フル・フロンタルが駆るシナンジュが襲撃してきた。

第5話：激突、赤い彗星

バナージはオードリーを救うべく、アナハイム社の重役・アルベルトの力を借りて出撃。赤い彗星の再来と呼ばれるフル・フロンタルの駆るシナンジュと激突したユニコーンガンダムは、デストロイモードに変身した。

第6話：その仮面の下に

ネオ・ジオン残党軍「袖付き」の拠点、資源衛星パラオで待ち受けていたのは、仮面を外して素顔を見せるフル・フロンタルだった。一方、ネェル・アーガマでは、エコーズのダグザが指揮する作戦が実行される。

第7話：パラオ攻略戦

地球連邦軍ロンド・ベルのネェル・アーガマと特殊部隊エコーズが、バナージとユニコーンガンダムの奪還作戦を開始。ネオ・ジオン残党軍「袖付き」の拠点である資源衛星パラオは、新たな戦場と化した。

第8話：ラプラス、始まりの地

連邦側の捕虜になったマリーダは、バナージに「それでも、と言い続けろ。ユニコーンガンダムに眠るもう一つのシステムを呼び覚ます力になる」と助言した。そのマリーダは地球へ移されることとなる。

第9話：リトリビューション

ユニコーンガンダムはプログラムの封印が解け、96年前に地球連邦政府初代首相が行った演説を流し始める。ダグザはジオン根絶のための殺戮マシーンではない何かが組み込まれていることに気付いた。

第10話：灼熱の大地から

地球に落ちたユニコーンガンダムとバナージを助けたガランシェールが西サハラ砂漠に不時着した。一方、地球に潜伏しているジオン残党軍は、地球連邦の首都・ダカールを襲撃する陽動作戦を展開する。

第11話：トリントン攻防

砂漠を旅したバナージは連邦軍に家族を殺されたジンネマンたちの悲しい過去を知る。そして「ラプラスの箱」をより良く使う方法を探るべく、新たな情報が開示されるトリントン基地へ向かうことを決意した。

第12話：個人の戦争

コロニーが落ちたオーストラリアのトリントン基地で開示される「箱」への座標を得るため、ジオン残党軍は戦いを引き起こす。そこでバナージは、立ちふさがるジンネマンを退けユニコーンガンダムで出撃する。

第13話：戦士、バナージ・リンクス

バナージはユニコーンガンダムと共に身柄を拘束された。リディはバナージがアルベルトの腹違いの弟だと聞かされ驚く。一方、アルベルトの叔母・マーサは、ミネバをバナージに口を割らせるための駒にする。

第14話：死闘、二機のユニコーン

ガランシェール隊がミネバとマリーダ奪還作戦を仕掛けたため、アルベルトはその阻止をマリーダに命じた。一方、ユニコーンガンダムのバナージはデストロイモードに変身したバンシィに苦戦を強いられる。

第15話：宇宙で待つもの

バナージとミネバたちを収容したガランシェールが宇宙へと上昇する中、エンジントラブルが発生。しかし、バナージの奮闘により不思議な光に覆われたユニコーンガンダムの力で、無事ネェル・アーガマと合流した。

第16話：サイド共栄圏

連邦軍から追われる身となったネェル・アーガマが選んだ苦肉の策は「袖付き」との共同戦線だった。それに反発するクルーたちに受け入れを命じたオットーは、フロンタルから本音を引き出そうとする。

第17話：奪還！ ネェル・アーガマ

フル・フロンタルに「ラプラスの箱」の最終座標が知られ、バナージは落胆する。そんな彼を励ますマリーダ。一方、タクヤたちはひそかに連邦軍哨戒艦を呼び反撃の機会を窺うが、アンジェロに察知されてしまう。

第18話：宿命の戦い

インダストリアル7へと急ぐネェル・アーガマは、「袖付き」のモビルスーツの攻撃によって進路を阻まれた。その戦線を突破できなければ、フル・フロンタルに「ラプラスの箱」の確保を許してしまうことになる。

第19話：再び光る宇宙

アンジェロに捕捉され、ローゼン・ズールのサイコ・ジャマーに苦戦するバナージ。一方、マリーダと対決したリディは、思念の共鳴現象に翻弄されてクシャトリヤ・リペアードを撃破してしまった。

第20話：ラプラスの箱

メガラニカでバナージとミネバを待っていたバナージの曾祖父・サイアム。彼は宇宙世紀元年の地球連邦政府首相官邸爆破テロの実行犯で、その時手に入れた宇宙世紀憲章を「ラプラスの箱」として連邦と取引してきた。

第21話：この世の果てへ

「ラプラスの箱」を強奪しようとするフル・フロンタルは、立ち向かってきたガエルのシルヴァ・バレトを圧倒的な戦力差で大破させた。バナージは、ガエルの危機にユニコーンガンダムを召喚する。

第22話：帰還

宇宙に旅立った人類が残した宇宙世紀憲章の「未来」という一文。これが記された「ラプラスの箱」を恐れる連邦政府の中心人物でリディの父であるローナンは、「箱」のあるメガラニカを破壊するため決断を下す。