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第1話：遊戯を継ぐ者

デュエルアカデミア高校の入学試験に向かう遊城十代は、伝説のデュエリスト・武藤遊戯に出会い、1枚のカードをもらう。彼は遅刻しながらも、試験を受けさせてほしいと頼むが、クロノス教授は無駄だと言い放つ。

第2話：フレイム・ウィングマン

アカデミアでの生活が始まった十代は、劣等生が集まるおんぼろの寮・オシリスレッドという寮に配属される。十代は優等生のオベリスクブルー・万丈目ともめ事を起こし、互いのベストカードを賭けてデュエルする。

第3話：エトワール・サイバー

クロノスは明日香の偽ラブレターで十代をわなにはめようと考えた。ところが、わなにはまったのは、翔だった。女子寮で取り囲まれてしまった翔を助けるために、十代と女王・明日香の決闘が行われる。

第4話：５重合体！ＶＷＸＹＺ（ヴィトゥズィ）

月に一度のテストが行われるが、十代は寝坊した上に、途中で荷物を運ぶおばさんを助けたため、大遅刻。筆記試験が終わり、生徒たちは購買部で新カードを手に入れるが、十代は遅れたため、手に入れそこねる。

第5話：闇のデーモンデッキ

生徒が次々に消えた、と言い伝えられる幽霊寮で十代たちは、明日香の兄の手掛かりを探そうとする。するとそこにクロノスが雇った・タイタンが現れ、デュエルを仕掛ける。タイタンのデッキは闇のゲームを彷彿させた。

第6話：ハネクリボーの奇跡

タイタンのダイスは当たり続け、追い込まれた十代は、体がさらに消えていく。意識を失いかけた十代だが、ハネクリボーの声に呼び覚まされ、タイタンのカラクリを見破る。偽・闇のゲームは終了したかに見えたが…。

第7話：翔の乗り物（ビークロイド）デッキ

幽霊寮へ侵入したことがばれ、十代は翔とのタッグデュエルで、クロノスが用意する相手と戦って勝たないと、退学に追い込まれることに。十代は翔を励ますが、翔は自信がない。翔はデュエルを特訓する。

第8話：最強！サイバーエンド・ドラゴン

十代は、翔の心の傷を知るために、兄でカイザーの異名を持つデュエリストの亮に挑戦。亮のサイバードラゴンを基本にして、縦横に融合して強化されるデッキは、十代のEヒーローデッキにも通じるところがあり…。

第9話：一撃必殺！ちゃぶ台返し

引きこもりがちの隼人を、父である熊蔵が学園に乗り込み、実家に連れ帰ろうとした。すると隼人と熊蔵の決闘が始まる。世界的にも高名なデュエリスト・熊蔵の一撃必殺、酔いどれデッキに一同はあぜんとする。

第10話：十代＆翔！タッグデュエル（前編）

十代と翔は学園残留を懸け、クロノスが雇った伝説の強力タッグ屋・迷宮兄弟と決闘する。迷宮兄弟は数ターンのうちに雷魔神、風魔神、水魔神を召喚。それらを融合して「ゲート・ガーディアン」を召喚する。

第11話：十代＆翔！タッグデュエル（後編）

攻撃力3750のゲートガーディアンを前に、十代と翔は苦戦を強いられる。十代は翔に「お前ならできる」と励まされ、魔法カード「シールドクラッシュ」によって、ゲートガーディアンを破壊する。

第12話：酸素＋水素＝Ｈ２Ｏ（ウォーター）ドラゴン

ラーイエローの三沢は、成績、スポーツ、デュエル、どれも新入学生ではトップの優等生だ。陽気で屈託のない三沢を好きになる十代。一方、万丈目は十代に負けたため、ブルー内での立場が危うくなっていた。

第13話：野生解放！ＳＡＬデュエル

行方不明の万丈目を探していた十代は、人間の手によって改造されたデュエル猿・SALに出会う。SALは女子を人質にとり、脱走を主張。そんなSALに十代は、デュエルで話をつけようと持ち掛ける。

第14話：ＶＳ（バーサス）サイコショッカー!?

冬休みとなり多くの生徒が帰省した。そんな中、オカルトを研究する高寺たちは、サイコショッカーの精霊を呼び出そうとする。高寺は、後にサイコショッカーらしき者が現れて、高寺を生贄にしようとしていると言う。

第15話：青春のデュエルテニス

テニスの授業でクロノス教授にボールを当てた十代は、その罰として、テニス部の部長・綾小路にしごかれる。また、十代が明日香と話していると、綾小路が勘違い。フィアンセの座を懸けて決着をつけようと言い出す。

第16話：闇夜のキングゴブリン

オベリスクブルーの生徒が、深夜に現れる謎の大男にデュエルを強要されて負け、レアカードを奪われる事件が続発した。クロノスは十代にその犯人を探すよう命じる。十代は、ラーイエローの大原を捕まえるが…。

第17話：ドロー！ドロー！ドロー！

十代は、レアな黄金のタマゴパンを買おうとするが、最近何者かに盗まれ続けていた。犯人は、見かけが同じパンの中から、タマゴパンだけを盗んでいた。また、大山のデッキは無謀で大胆なものだと発覚する。

第18話：ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（前編）

学園に武藤遊戯のデッキが展示されることになったが、その前夜、デッキはイエローの神楽坂によって盗まれてしまう。神楽坂はクロノスと翔を一瞬で破り、十代の前に現れた。十代と神楽坂の決闘が始まる。

第19話：ＶＳ（バーサス）遊戯デッキ（後編）

遊戯のデッキを使いこなす神楽坂に十代は苦戦する。LPはすでに1300対4000となっていた。十代は、攻撃力2800の混沌の黒魔術師、ブラックマジシャン・ガール、カオスソルジャーなどに圧倒される。

第20話：恋する乙女は強いのよデッキ！

十代の部屋に転入生の少年レイが加わったのだが、風呂に入らなかったり、カイザーに執着したりと不可解なことが多かった。レイがカイザーの部屋を物色した時、その後を追った十代はレイのある秘密を知る。

第21話：融合封じ！十代ＶＳ（バーサス）三沢（前編）

学園対抗デュエル戦のアカデミアの代表デュエリストを決めるために、十代と三沢が対峙。三沢は十代を打ち破るために、7番目のデッキを準備。十代は三沢のウォータードラゴンと格闘しながら、Eヒーローで対抗する。

第22話：ワイルドマン召喚！十代ＶＳ（バーサス）三沢（後編）

十代は融合を三沢に封じられてしまい、Eヒーローを進化させることができず苦戦。攻撃力2600の三沢のウォータードラゴンに、フィールド魔法・摩天楼でEヒーローをパワーアップさせて拮抗する。

第23話：脱力！もけもけデュエル

十代の排除を狙うクロノスは、茂木を動員する。これまで茂木とデュエルした者は、2度とデュエルができなくなっているという。茂木が召喚した「もけもけ」は攻撃力が300しかなく、頼りない感じだが…。

第24話：復活！万丈目サンダー

格下寮の十代と三沢に負けた万丈目は、アカデミアから飛び出し、息も絶え絶えに大海原を彷徨い、謎の船で出会った老人の指図で、アカデミア・ノース校にたどり着く。だが、そこでは苦行とデュエルが待っていた。

第25話：ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（前編） アームドドラゴンの脅威

アカデミアとノース校との対抗戦が始まる。十代の前には逞しくなった万丈目が現れた。彼はノース校で万丈目サンダーと呼ばれている。また、十代と万丈目サンダーのデュエルは、万丈目一族の力で、テレビ中継される。

第26話：ＶＳ（バーサス）万丈目サンダー（後編） アームドドラゴンＬＶ７（レベルセブン）

万丈目のアームド・ドラゴンはレベルアップし、レベル7となり、十代は防戦一方となる。だが、十代は「スペシャル・ハリケーン」でアームド・ドラゴンを一掃。また、万丈目の気持ちは、客席の兄に向けられていて…。

第27話：課外授業は闇のデュエル!?（前編）

大徳寺先生から誘われて、十代たちは課外授業で古代遺跡に向かうが、そこで古代世界にトリップして、墓荒らしの容疑を掛けられてしまう。十代と墓守の長は、大徳寺たちの身柄を懸けて、闘いを開始する。

第28話：課外授業は闇のデュエル!?（後編）

十代はハネクリボーの進化コンボを封じられたため、逆転のチャンスを逃す。墓守の長は自らを場に召喚。墓守一族の連携プレーの影響で十代のライフは500に下がる。だが、墓守のアサシンは、攻撃を一瞬ためらう。

第29話：ＶＳ（バーサス）ダークネス（前編） 真紅眼の黒竜（レッドアイズ・ブラックドラゴン）の挑戦

7人の刺客・セブンスターズの手から、アカデミアの奥にある3枚のカードを守るために、十代たちは校長から7つの鍵を渡される。セブンスターズの1人目の刺客・ダークネスが十代の前に現れ、決闘が始まる。

第30話：ＶＳ（バーサス）ダークネス（後編） 真紅眼の闇竜（レッドアイズ・ダークネスドラゴン）の攻撃

LPが700対3000となり、十代は苦しむ。ダメージのたびに自らの身体を炎に焼かれ、翔と隼人も危険にさらされ、心身ともに辛い状況に陥る。ダークネスは、レッドアイズ・ダークネスドラゴンを召喚するが…。

第31話：クロノスVS吸血美女（ヴァンパイア）カミューラ

美しくも不気味なバンパイア女・カミューラが2人目の刺客として上陸。十代は前回勝利を収めたが、闇のゲームで体力を消耗したために安静にしていた。クロノスは不本意ながらも、カミューラと闘うことになった。

第32話：カイザーVSカミューラ 幻魔の扉発動！

クロノスを破ったカミューラは、次の対戦相手として、ルックスが好みのカイザー亮を選ぶ。闘いが始まると、カイザーは序盤から容赦なくパワーボンドで強化したサイバーエンドドラゴンで攻撃を仕掛ける。

第33話：輝け！シャイニング・フレア・ウィングマン

吹雪から闇のアイテムを受け取った十代は、カミューラに決闘を挑む。十代は、攻撃力2800のテンペスターを召喚。カミューラは幻魔の扉で、明日香たちを生贄にしようとするが、十代の闇のアイテムが阻止する。

第34話：湯けむり旅情！青眼の白龍（ブルーアイズ・ホワイトドラゴン）

十代は重いデュエルが続いたため、落ち込んでいた。また、彼はハネクリボーの導きで、温泉の向こうの精霊界へ足を踏み入れる。そこに精霊カイバーマンが現れ、ブルーアイズのカードが十代と戦いたがっていると言う。

第35話：兄弟の結束！おジャマデルタハリケーン

万丈目の兄がアカデミアの買収を目論む。買収の条件として、万丈目サンダーと万丈目の兄・長作の決闘が行われることになった。ハンデを背負った万丈目は、弱小モンスターをかき集めて、デッキを構築する。

第36話：三沢っちVSアマゾネス！ ムコとりデュエル

3人目の刺客・アマゾネスのタニヤは、三沢を指名して、負けたら婿になれという。闘いが始まると、計算し尽くされた三沢の化学デッキは、プラスとマイナスの磁気モンスターを使いこなして、バトルの主導権を握る。

第37話：肉弾デュエル！アマゾネスのデスリング

決闘の後、三沢はタニヤの婿として連れ去られたが、一夜で解放された。タニヤの体力、精神力、デュエルのレベルは、全てにおいて三沢が及ばないパワーだと言う。十代は興味を抱き、タニヤに勝負を申し入れる。

第38話：水中デュエル！伝説の都アトランティス

アナシスという大金持ちの男が島に上陸し、三幻魔のカードを賭けて闇のデュエルをしようと言う。海底でデュエルを始めようとすると、アナシスが「海のデュエル」と「闇のデュエル」を勘違いしていたことに気付く。

第39話：名探偵サンダーＶＳ黒サソリ盗掘団

十代たちの「七精門の鍵」が学園に潜伏していた黒サソリ盗掘団5人衆によって盗まれる。事件解決後、万丈目と黒サソリ団の決闘が始まる。万丈目はアームドドラゴンのレベルアップで攻撃するが…。

第40話：Ｈ・Ｅ・Ｒ・Ｏ（エイチイーアールオー）フラッシュ！

セブンスターズの次なる刺客は、古代エジプトで無敗を誇り、デュエルの神と呼ばれた少年王・アビドス3世だ。十代とアビドス3世の決闘が始まる。十代は互角の勝負をし、アビドスに「本当は弱いだろう」と言い放つ。

第41話：闇の闘牛場（ダーク・アリーナ）発動！明日香ＶＳタイタン

明日香は看病を続けている兄の記憶を懸けて、タイタンと決闘することになった。だが、タイタンは以前のいんちき決闘者ではない。真の闇のデュエリストになっていた。タイタンは明日香を暗闇に誘い、優勢に立つ。

第42話：学園祭デュエル！ブラマジガール乱入

学園祭でコスプレデュエル大会が開催され、明日香がハーピィレディに、万丈目はXYZドラゴンにそれぞれ扮装する。また、十代とのデュエルには、ブラックマジシャンガールに扮した謎の美少女が立候補するが…。

第43話：明日香にセカンド・ラブ・チャンス!?

アカデミアに乗り込んだ青年・ボーイが、セブンスターズとの対戦メンバーにしろと売り込む。すると、旧知の明日香がボーイに決闘を申し込む。ボーイは、コインの表裏を当ててデュエルをリードしようとする。

第44話：７人目の影

大徳寺先生が消えたため、セブンスターズに負けていないか心配になる。十代たちは大徳寺を探して黒い森に入っていった。一方、消えた吹雪を追う明日香は、最後のセブンスターズ・謎のデュエリストと決闘する。

第45話：VSアムナエル！ Ｅ（エレメンタル）ヒーロー絶対封じ

七精門の6つの鍵が開いた。十代は廃寮に行き、そこで大徳寺のミイラ死体を発見。そこに最後のセブンスターズ・アムナエルが現れる。十代とアムナエルの決闘が始まる。敵は錬金術の考え方に基づくデッキだった。

第46話：地水炎風（ちすいえんふう）融合！ エリクシーラー

十代とアムナエルの決闘が続く。アムナエルは大徳寺であり、ミイラ死体も大徳寺だ。この姿は錬金術により人形に魂を入れた人造人間だと告白する。アムナエルは永続罠マクロコスモス、原始太陽ヘリオスらを使い…。

第47話：明日香VS万丈目！ サイバー・エンジェル－弁天－

明日香への恋心が抑えられない万丈目。吹雪にそそのかされると七精門の鍵を盗み出し、明日香にデュエルを強要。万丈目と明日香の恋を懸けた決闘が始まる。万丈目は恋文などのカードを使いつつ、恋の誇大妄想をする。

第48話：VS影丸（前編）２つの幻魔

理事長・影丸老人が七精門の鍵を奪って三幻魔のカードを手に入れたことから、十代と決闘が始まる。影丸は、第1の幻魔・神炎皇ウリアを召喚。攻撃力は墓地の罠カードの数の1000倍で、相手の罠を跳ね返す。

第49話：VS影丸（後編）三幻魔覚醒

攻撃力が5000と4000という2体の幻魔が、十代に立ちはだかる。さらに攻撃力4000の第3の幻魔・幻魔皇ラビエルも召喚される。影丸は、デュエルモンスターから永遠の生命を得ようとしていた。

第50話：隼人VSクロノス！ エアーズロックサンライズ

隼人は、インダストリアル・イリュージョン社のカードデザインコンテストで優勝する。そんな隼人とクロノスが決闘を行う。ミスのない隼人は、クロノスのアンティークギア系カードと互角の勝負を繰り広げる。

第51話：VSカイザー（前編）パワー・ボンド×（アンド）サイバーエンド

カイザー亮は卒業記念の模範デュエルの対戦相手に十代を指名。十代とカイザー亮のデュエルが始まる。気負った十代はいつもより注意を払い、サイバーエンドドラゴンとパワーボンドのコンボを防ごうとする。

第52話：VSカイザー（後編） ファイナル・フュージョン

十代とカイザー亮の闘いは続く。十代は、強化されたサイバーエンドドラゴンの猛攻をLP・100でどうにか食い止める。また、腹が減った十代はおにぎりを食べて、本来の自分らしさを取り戻すが…。

第53話：運命のはじまり！新入生エド・フェニックス

十代たちは2年生になった。おとなしそうな新入生が十代とデュエルするが、新入生のデッキは強力ではなかった。それは直前に売店で買った8パックで40枚に間に合わせた即興のものだったからだ。

第54話：サンダーＶＳエリート君！メカおジャマキング発進

万丈目は、中等部でトップのエリート新入生の五階堂とデュエルする。万丈目はかつて中等部でトップだったが、いまやレッド寮で、おジャマモンスターを使っていた。新入生は万丈目を落ちぶれたと言う。

第55話：ティラノ剣山登場ざうるす！

イエローの1年でトップのティラノ剣山が、十代にデュエルを挑んできた。剣山は元番長で、十代を倒すことにより、アカデミアでもカリスマであることを証明しようとしていた。剣山は、恐竜デッキを使う。

第56話：翔ＶＳ昆虫少女！インセクト・プリンセス

翔にイエロー寮昇格の話が持ち上がるが、その条件は、クロノスが用意したブルー寮の胡蝶蘭という少女にデュエルで勝つことだった。これに翔は怯えるが、十代たちの言葉に奮起し、やる気を出し始める。

第57話：カイザーＶＳエド！プロリーグの戦い

プロのリーグでカイザー亮とエド・フェニックスがデュエル。エドのデッキは、Eヒーローデッキだが、十代とは異なり、カードや戦術を持ち、フェニックスガイを融合召喚する。十代たちはエドを強くないと思うが…。

第58話：ＶＳエド（前編）Ｅヒーロー対Ｅヒーロー

どちらが真のヒーロー使いか、決着をつけるために、十代とエドのデュエルが始まる。フレイム・ウィングマンで先制攻撃をする十代。一方、エドは同じ融合素材からフェニックスガイを召喚し、相討ちを仕掛ける。

第59話：ＶＳエド（後編）運命のＤヒーロー

十代とエドのデュエルは続く。エドはフィールド魔法・幽獄の時計塔を発動させ、運命の時を刻み、さらにDヒーロー・シリーズのモンスターを次々と召喚。十代は自軍のヒーローを消され、数ターン先に飛ばされ苦しむ。

第60話：明日香ＶＳ吹雪！兄妹アイドルへの道

エドに負けた十代は、カードが白紙にしか見えなくなる。一方、クロノスたちの命を受けた吹雪は、妹の明日香とデュエルすることになった。吹雪は明日香を説得し、兄妹コンビで芸能界デビューを狙う。

第61話：斎王登場！運命のタロットデッキ

万丈目の前に神秘的な男・斎王が現れてデュエルする。斎王は手札のカードを伏せたままにして万丈目にデッキをシャッフルさせ、引いたカードによって万丈目の運命を見通すというタロットのような戦い方を見せた。

第62話：新Ｅ（エレメンタル）ヒーロー！ネオス

亜空間を彷徨う失意の十代。イルカ型宇宙人の導きで、かつて十代が子供時代に描き、海馬コ社が宇宙に打ち上げたイラストカードに再会する。しかし、それは宇宙意思の力によって完全なるカードに進化していた。

第63話：剣山VSカレーの魔人！スパイシーデュエル

イエロー寮長の樺山教授は、カレーを餌にレッド寮に入り浸っているティラノ剣山らを寮に連れ戻そうとする。剣山対樺山のデュエルで、樺山は永続魔法「カレーポット」を発動させ、「カレー魔人ルー」を召喚した。

第64話：翔VS剣山！アニキへの熱き想いデュエル

十代の留守中に、翔とティラノ剣山が「十代の弟分」の地位をめぐって対峙。兄貴への熱き思いをかけたデュエルが始まる。まず、剣山の主力モンスター「ダークティラノ」が翔にダイレクトアタックを決めた。

第65話：ヘルカイザー亮！キメラテック・オーバー・ドラゴン

プロリーグでエドに負けて以来、精彩がなかったカイザー亮は怪しいプロモーターに誘われ、地下デュエルに出場する。野蛮な観客の前で、体を張った見世物的要素の強いカイザー亮対犬飼のデュエルが始まった。

第66話：十代初夢デュエル！

森で迷子の十代は、空腹のため薄れゆく意識の中、今までのデュエルを思い出していた。入学試験で、ロノス教諭の「アンティーク・ギア・ゴーレム」を「フレイムウィングマン」で打ち破った記憶などが脳裏に蘇る。

第67話：VSエド（前編）新たな力！アクア・ネオス

久しぶりに帰ってきた十代がレッド寮の廃止を懸けてエドと戦う。エドのDヒーローは依然強力だが、十代は前回の敗北から完全に立ち直り、宇宙の波動をキャッチして進化するという「ネオス」デッキで戦うと言う。

第68話：VSエド（後編）炎のフレア・ネオス

ネオスデッキを使いこなせない十代は、Dヒーローの直接攻撃に遭いLP・200にまで後退。しかし、ネオスデッキから「エア・ハミングバード」でライフを回復させ、「フレア・スカラベ」を攻撃力を上げて召喚する。

第69話：クロノスVSナポレオン！トイソルジャーの行進

レッド寮廃止をめぐりクロノス臨時校長とナポレオン教頭が衝突。デュエルが始まり、ナポレオンの軍隊デッキから3体の「トイ・ソルジャー」が現れ、魔法カード「強行軍」「鼓笛隊」によりクロノスに大打撃を与える。

第70話：明日香VS万丈目ホワイトサンダー！

万丈目はブルーの生徒を次々と倒し、ブルー寮を白く染める不可解な行動を取る。斎王が率いる「光の結社」こそが学園を納めるべきだと万丈目は言うが、明日香がそれを阻止しようとデュエルする。

第71話：VSゲームチャンプ！巨大戦艦テトラン発進

白の結社からシューティングゲームの覇者・銀流星が刺客として送られ、宇宙戦艦さながらのデュエルシステムで十代と銀が戦う。銀の「巨大戦艦テトラン」は3重のシールドが張りめぐらされ、なかなか破壊できない。

第72話：デッキ破壊を破壊せよ

白の結社から強豪プロデュエリスト「エックス」が送り込まれ、十代とデュエル。エックスの戦法「デッキ破壊」は初対戦で勝つことが難しい。エックスの戦術にはまり、十代は大量のカードを墓地に送られ危機に陥る。

第73話：剣山VS斎王！恐竜ＤＮＡだドン

斎王はタロットで見通した「なびかぬ力」を確かめるため、アカデミアに乗り込んでティラノ剣山にデュエルを仕掛けた。斎王のタロットデッキは、カードの「正位置」「逆位置」で運命が反転する。

第74話：黄泉ガエル！イキカエル！デスガエル！

十代は修学旅行の行き先を決めるため、斎王たちの代表の少女・ローズとデュエルする。ローズのデッキはカエルデッキで、序盤から「悪魂邪苦止」を墓地に貯め、やがて十代に致命的なダメージを与えた。

第75話：修学旅行タッグデュエル

アカデミアの生徒一行は修学旅行に出発。十代たちは武藤遊戯の生家を訪ねて双六爺さんに出会う。町を散策中に双六がさらわれ、追っていた翔と剣山は背中合わせのまま、光の結社の刺客にデュエルを仕掛けられる。

第76話：究極合体！レックスユニオン

剣山の恐竜モンスターは氷丸の氷デッキと相性が悪く、翔の乗り物モンスターは雷丸の魔法「システムダウン」「暴走コンデンサー」に動きを封じられる。しかし、口げんかをしていた翔たちはやがて団結し始め…。

第77話：恐怖の四帝！デミウルゴス・ＥＭＡ（エマ）

斎王の妹・美寿知に戦力外通告をされた岩丸。十代を倒そうと躍起になるも十代の顔が分からず途方に暮れている時、レッド寮のキャンプに合流した。そして十代と岩丸は、互いに正体を知らないが仲良くなる。

第78話：最強タッグ！？十代＆エド（前編）

十代、エド対美寿知の変則タッグデュエルが開始。美寿知は「鏡」を使って自分をもう1人出現させる。翔たちを救いたい十代、ナンバー1であることを証明したいエド。2人の思惑は異なり連携プレーもうまくいかない。

第79話：最強タッグ！？十代＆エド（後編）

美寿知は2体の「魔鏡の式神」を生贄にし、戦闘では破壊されない無敵の「闇の神－ダークゴッド」を召喚した。さらに、フィールド魔法「無限の降魔鏡」で合わせ鏡に映し、10体のダークゴッドを場に揃える。

第80話：絶望の国のアリス

レッド寮に転校生の美少女・アリスが現れた。剣山はアリスに夢中になるが、不審に思った三沢は同名の謎めいたレアカードの存在を知る。十代はアリスがデュエリストを呪い、剣山を取り込もうとしていることを知った。

第81話：クイズデュエル！？ＶＳナゾラー・パネル９

明日香に思いを寄せるクイズ王の神田は、明日香と口論している十代に出くわしデュエルを挑む。神田はクイズデッキを使い、永続魔法「クイズアワー」を発動。十代が攻撃するたびにクイズ司会者のごとく問題を出す。

第82話：三沢ＶＳ万丈目 アサルト・キャノン・ビートル

三沢は光の結社の勧誘が自分にだけ来ないため、自分が弱いと思われているのかと焦り、斎王に会って「デュエルで勝ったら島から出て行け」と言い放つ。そして、斎王の代わりに万丈目が三沢とデュエルする。

第83話：ヘルカイザー亮ＶＳマスター鮫島

ヘルカイザー亮は封印された強力デッキを求め、「サイバー流デュエル」の昔の師範・鮫島元校長を訪問。亮と鮫島の師弟対決が始まった、サイバーエンドドラゴンを召喚する亮に対し、鮫島はコピーモンスターで防ぐ。

第84話：ジェネックス開幕！目指せ１番！

鮫島校長が「デュエル・ワールドカップ」の開会を宣言。アカデミア島を舞台に生徒と世界のプロデュエリストが参加する一大デュエル大会だ。斎王は、ヨーロッパの強国のセレブ・オージーン王子とデュエルする。

第85話：神のカード「ラーの翼神竜」を操る男！？

十代の前に研究者風のフランツが現れる。彼はＩ2社の社員で、最強カード「ラーの翼神竜」のコピーカードを使う危険な男だった。十代対フランツのデュエルが始まり、フランツは序盤から「ラーの翼神竜」を召喚する。

第86話：デュエルの花道

対戦相手がいないと嘆いていた十代だったが、彼の前で突然太鼓が鳴り響き、桜吹雪が舞う。その中から歌舞伎の衣装を身に付けたプロデュエリスト「カブキッド」が登場し、十代にデュエルを挑んだ。

第87話：がんばれ！おジャマトリオ（前編）

プロデュエリストと対峙する万丈目。光の結社の一員となった彼はホワイトナイツ・ソードマンのカードを操り、圧倒的な強さで勝った。そのデュエルを観戦した十代に対し、万丈目は対戦を要望するが…。

第88話：がんばれ！おジャマトリオ（後編）

光の結社の一員である万丈目は、斎王から託されたカード「ホワイトナイツ・ロード」を使って十代に攻め入った。一方、十代は万丈目にとって大切な「おジャマトリオ」のカードを使って防戦する。

第89話：ヘルカイザーＶＳダークネス吹雪

ヘルカイザーとなった亮がジェネックスに参加するためアカデミアに帰ってきた。その様子を見ていた親友「吹雪」は、以前ダークサイドに落ちた時に救ってくれた恩を返そうと、ヘルカイザーの前に立つ。

第90話：アカデミアのプライド

生徒たちがプロデュエリストに負けることでアカデミアの評判が悪くなることを危惧したクロノスとナポレオン教頭は、ある計画を実行に移す。一方、ジュンコとモモエはあるプロデュエリストとデュエルしていた。

第91話：ワンターンキルの死神

ジェネックスにワンターンで相手を倒すデュエリストが参加しているとのうわさが流れる。その正体は死神のカードと契約し、ドローパワーを得た橘だった。十代は死神に魂を売った橘とデュエルをすることに。

第92話：トライアングル・デュエル

クロノス平教員とナポレン教頭は、解雇されるとささやかれている中、鮫島校長から「出て行け」と怒鳴られる。2人は鮫島校長を訪ねようとしていたII社のペガサス会長を見かけ、I2社への就職を志願するが…。

第93話：白夜の決闘！十代ＶＳ明日香（前編）

斎王の中で2つの人格が葛藤していた。光の波動を受けて世界を破滅しようとする人格と、それを防ごうとする善良なる心を持つ人格だ。善良な人格は世界の破滅を防ぐべく、重要なカギを十代とエドに手渡すが…。

第94話：白夜龍！十代ＶＳ明日香（後編）

斎王によって強化された明日香のデッキは十代を徐々に追い込む。苦戦する十代は何とか元の明日香に戻るよう「心」に訴え掛けるが、全く十代の言葉に耳を傾けない明日香はついに最強のカード「白夜龍」を召喚する。

第95話：仁義なき兄弟デュエル 亮ＶＳ翔

優しくて尊敬できる兄さんに戻ってほしいと願う翔は、ヘルカイザー亮にデュエルを望む。亮は非情にも翔に、ライフポイントの減少と同時に電流を浴びるデュエルを条件に出す。そして、亮対翔の兄弟デュエルが始まる。

第96話：相対性フィールド！十代ＶＳ天才博士

光の波動を受けた斎王は重要なカギを奪還すべく、十代が最も不得意とする理論的なデッキを組む天才物理博士、ツバイン・シュタインを送り込んだ。ツバインは相対性フィールドを発動し、十代を迎え撃つ。

第97話：登場！謎の世界チャンプ！

鮫島校長が開催したジェネックスの真の目的は「究極のDのカード」を持つ者を探すことだった。またエド・フェニックスも同様に、父を殺してカードを持ち出した犯人を捜すためデュエルを行っていた。

第98話：ついに発動！究極のＤのカード

世界チャンピオンDDが自分の父親を殺し、カードを奪ったという真実を聞かされたエドは、斎王から託された鍵をかけたデュエルを挑まれることになった。エドはDヒーローのカードを駆使して戦うが…。

第99話：十代ＶＳレーザー衛星の恐怖

オージーン王子の秘書であるリンドから「鍵」の秘密を聞かされる十代。その「鍵」とはレーザー衛星のコントロールキーだった。オージーン王子は斎王の命を受け、十代から「鍵」を奪うべく彼にデュエルを挑む。

第100話：究極のアルカナ「ザ・ワールド」

光の波動が斎王に取り付いたという父の言葉を確かめるべく、エドは光の結社専用デュエル場に赴き斎王に問いただす。しかし、斎王は光の波動に取り込まれて別人格となり、エドにレーザー衛星の鍵を返すよう強要する。